Il s'agit de l'application Linux nommée metawatt à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom MetaWatt-3.5.3.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée metawatt pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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metawatt pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Le classeur Metawatt est un outil de regroupement graphique qui utilise des statistiques multivariées de fréquences de tétranucléotides et un regroupement basé sur la couverture différentielle. Il effectue également une évaluation taxonomique de la qualité du binning (via diamond BLASTx). Les bacs créés peuvent être modifiés et exportés en fasta. Le Metawatt est implémenté en Java SWING et dépend au minimum de Diamond, HMMer3.1, BBMap, Prodigal et de la bibliothèque Batik pour l'exportation de graphiques SVG.Citation : Strous M, Kraft B, Bisdorf R, TegetMeyer H (2012) Le binning des contigs métagénomiques pour la physiologie microbienne des cultures mixtes. Frontières en physiologie microbienne et métabolisme 3:410. doi: 10.3389/fmicb.2012.00410
Comment ça marche
- Tétranucléotide combiné et binning différentiel de couverture de contigs métagénomiques
- Interface utilisateur graphique pour l'exploration des données
- Profilage taxonomique des bacs avec Diamond blastp
- Détection des gènes à copie unique conservés
- Arborescence phylogénétique de bins basée sur des gènes conservés
- Graphiques interactifs GC/couverture ou couverture/couverture
- Fonctionne également de manière entièrement automatique sur la ligne de commande
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/metawatt/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
