Il s'agit de l'application Linux nommée miRDP2 dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom test_data.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée miRDP2 avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
miRDP2
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DESCRIPTION
miRDeep-P2 (miRDP2) est développé pour analyser avec précision et rapidité le transcriptome des microARN (miARN) dans les plantes. Il est adopté à partir de miRDeep-P (miRDP) avec de nouvelles stratégies et un algorithme révisé. Nous avons testé miRDP2 pour analyser les transcriptomes de miARN dans des plantes dont la taille du génome a progressivement augmenté comme l'Arabidopsis, le riz, la tomate, le maïs et le blé. Par rapport à miRDeep-P et à plusieurs autres outils de calcul, miRDP2 a traité les données NGS avec une vitesse supérieure. En incorporant des critères d'annotation de miARN de plantes nouvellement mis à jour, la précision de miRDP2 est également nettement améliorée. Nos résultats démontrent que miRDP2 est un outil rapide et précis pour analyser le transcriptome du miARN dans les plantes.
Référence: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Comment ça marche
- petit ARN
- microARN(miARN）
- Séquençage de nouvelle génération (NGS)
- Perl
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Environnement de base de données
Perl DBI/DBD
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
