Il s'agit de l'application Linux nommée miRNA Temporal Analyzer (mirnaTA) à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom mirnaTA_v1.2.3.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée miRNA Temporal Analyzer (mirnaTA) pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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miRNA Temporal Analyzer (mirnaTA) pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Le microARN Temporal Analyzer (mirnaTA) est un outil bioinformatique qui peut être utilisé pour identifier les miARN différentiellement exprimés dans les études temporelles. Il est implémenté dans les packages Perl et R (>= 2.13.0) et peut être exécuté sur plusieurs plates-formes telles que Linux, Mac et Windows. Le mirnaTA exige que les utilisateurs fournissent des données à partir d'un minimum de deux points temporels et analysent jusqu'à 20 points temporels. Pour normaliser les données et supprimer la variabilité technique, la transformation quantile normale (NQT) a été utilisée et les données normalisées sont analysées à l'aide d'un modèle de régression linéaire pour localiser tous les miARN qui sont exprimés de manière différentielle de manière linéaire. Tous les miARN avec une valeur P < 0.05 sont considérés comme statistiquement significatifs. Les miARN restants qui ne rentraient pas dans le modèle linéaire sont analysés plus en détail selon deux méthodes différentes : (1) si le nombre de points temporels <3, CDF de la distribution normale, et (2) si le nombre de points temporels est >= 3, ANOVA est utilisé.http://www.gigasciencejournal.com/content/3/1/20
Fonctionnalités:
- Analyseur temporel miARN
- Transformation Quantile Normale (NQT)
- jusqu'à 20 points de temps
- Forfait R
- Perl
- carte thermique
- facile à exécuter
- interface graphique HTML
- sortie simple
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mirnata/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
