Il s'agit de l'application Linux nommée misc genomics tools dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom misc_genomics_tools_v0.2.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée divers outils de génomique avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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divers outils de génomique
DESCRIPTION
Il s'agit d'une collection de divers programmes développés dans le cadre d'un projet de génomique, impliquant la souche Pseudomonas NCIMB10586
Ceux-ci comprennent
* identifier et corriger les erreurs dans une (par exemple) séquence du génome pacbio à l'aide de lectures illumina
* séquence procaryote/annotation du génome
* Analyse RNAseq - normalisation et collation de plusieurs échantillons en tant que groupe
* Visualisation RNAseq
Tous les scripts sont fournis dans la mesure du possible, mais en raison de diverses modifications du système, je ne garantis pas que tous les fichiers correspondent à la version utilisée dans l'analyse.
Sachez également que ceux-ci ont été développés dans un souci d'opportunité - c'est-à-dire que le processus devait être exécuté une fois dans sa forme finale ; peu d'attention a été accordée à l'optimisation de l'exécution ou à l'enchaînement des scripts, et parfois les ressources externes sont accessibles manuellement.
Comment ça marche
- Correction des erreurs de séquence du génome
- Annotation de séquence procaryote
- Normalisation RNAseq de plusieurs échantillons en tant que groupe
- Série d'échantillons RNAseq/visualisation de l'évolution temporelle
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/misc-genomics-tools/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
