Il s'agit de l'application Linux nommée MITP dont la dernière version peut être téléchargée en tant que MITP-1.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée MITP avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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PMTI
DESCRIPTION
Le miARN est un petit ARN non codant largement connu qui peut médier la régulation génique des processus biologiques les plus importants chez les plantes et les animaux. Par conséquent, l'identification de la conservation et du nouveau miARN et de leurs gènes cibles dans le modèle et les nouvelles espèces séquencées est inévitable. MITP est conçu pour identifier les miARN facilement et plus rapidement en fonction du résultat de mappage de séquences de tout logiciel de mappage produisant un résultat de sortie au format SAM, un résultat d'explosion (résultat de sortie par défaut) ou un résultat blat (résultat de sortie par défaut). Le programme fournit un programme d'étapes (8 étapes) qui peut permettre d'exécuter le programme à partir de n'importe quelle étape et de terminer toutes les étapes restantes. Vous pouvez également exécuter étape par étape en utilisant chaque programme pas à pas. Veuillez exécuter ces programmes pas à pas dans le même répertoire que le programme principal MITP.pl. Certaines étapes sont facultatives (filtre de lecture, expression, classe de miARN et cible). Lorsque vous sélectionnez les paramètres associés appartenant à ces étapes facultatives, le programme exécute ces étapes. Sinon, il ignore ces étapes.
Fonctionnalités:
- Identifier les miARN conservés selon le résultat BLAST entre les miARN connus et la séquence du génome
- Identifiez le nouveau miARN en fonction du résultat de l'alignement dans la sortie BLAST par défaut, la sortie BLAT ou le fichier au format SAM
- Identifier les petites régions d'ARN
- Prédire les gènes cibles des miARN
- Comparer les miARN dans différentes espèces
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mitp/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
