Il s'agit de l'application Linux nommée Molecular Dynamics Studio dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom WindowsRelease.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Molecular Dynamics Studio avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Studio de dynamique moléculaire
DESCRIPTION
Il s'agit d'un ensemble de modifications logicielles créées pour intégrer NanoEngineer-1, PACKMOL et MSI2LMP dans le but de créer facilement des cellules de dynamique moléculaire. NanoEngineer-1 est un logiciel de CAO moléculaire écrit par Nanorex et fournit à l'utilisateur un moyen simple de créer des molécules, tandis que les modifications logicielles permettent à l'utilisateur de saisir des atomes en utilisant plusieurs champs de force. PACKMOL peut générer une collection aléatoire de molécules en utilisant les modèles de molécules de NanoEngineer-1, fournissant ainsi la cellule MD initiale. Les modifications apportées à PACKMOL permettent aux données de type atome d'être transmises au logiciel MSI2LMP. MSI2LMP crée un fichier d'entrée LAMMPS basé sur des champs de force de classe I ou de classe II. MSI2LMP a été modifié pour utiliser des données de champ de force codées numériquement générées par NanoEngineer-1. Le format de fichier MMP a été étendu et intégré dans les trois applications logicielles.
http://www.nanoengineer-1.net
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
http://lammps.sandia.gov/
Fonctionnalités:
- Capacité de CAO moléculaire via NanoEngineer-1
- Tapez manuellement les atomes en fonction du champ de force atomique CFF91
- Créer des modèles de molécules à l'aide de NanoEngineer-1
- Générez une cellule MD à l'aide de PACKMOL et de plusieurs modèles de molécules
- Générer un fichier d'entrée de géométrie LAMMPS à l'aide de MSI2LMP
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
OpenGL, Qt
Langage de programmation
Fortran, Python, C++, C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/moleculardynami/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
