Il s'agit de l'application Linux nommée NeedlemanWunsch dont la dernière version peut être téléchargée en tant que needleman_wunsch-0.3.5.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée NeedlemanWunsch avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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NeedlemanWunsch
DESCRIPTION
DÉPLACÉ SUR GITHUB : https://github.com/noporpoise/seq-align
Alignement optimal global des séquences à l'aide de l'algorithme Needleman-Wunsch.
Aligne l'ADN, l'ARN, la séquence protéique et plus encore !
Voir l'alignement local de notre projet sœur à l'aide de Smith-Waterman :
http://sourceforge.net/projects/smithwaterman/
Fonctionnalités:
- Pénalités d'écart affine
- Ne peut définir aucune pénalité d'écart pour les écarts au début et à la fin des alignements
- Sortie couleur
- Lit les fichiers FASTA, FASTQ et de séquence simple (y compris les fichiers gzip)
- Matrices de substitution ADN/protéine prédéfinies (PAM/BLOSUM, etc.)
- Peut charger des matrices de pénalité de substitution
- Code C portable pouvant être utilisé dans d'autres projets de bioinformatique
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Console/Terminal, ligne de commande
Langage de programmation
C++, C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/needlemanwunsch/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.