Il s'agit de l'application Linux nommée ParDRe dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ParDRe avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
ParDRe
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DESCRIPTION
ParDRe est un outil parallèle pour supprimer les lectures en double. Les lectures en double peuvent être considérées comme identiques
ou des séquences presque identiques avec quelques mésappariements. Cet outil permettra aux utilisateurs d'éviter l'analyse des lectures non nécessaires, réduisant ainsi le temps des procédures ultérieures avec l'ensemble de données (par exemple, assemblages, mappages, etc.).
L'outil est implémenté avec MPI afin d'exploiter les capacités parallèles du multicœur
groupes. Il est plus rapide que ses homologues multithread (fin 2015) pour le même nombre de cœurs et, grâce à la technologie de passage de messages, il peut être exécuté sur des clusters.
Il existe également un équivalent MapReduce de ParDRe, appelé MarDRe (voir le lien ci-dessus).
MISE À JOUR : À partir de la version 2.0.5, ParDRe prend également en charge la suppression des doublons optiques uniquement (et laisse les doublons biologiquement intéressants) ainsi que le travail avec des entrées/sorties compressées au format .gz.
Audience
Technologie de l'information, industrie de la santé, science/recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal, ligne de commande
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pardre/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
