Il s'agit de l'application Linux nommée PARSEC - PAtteRn SEarch / Context dont la dernière version peut être téléchargée sous PARSEC_Deployment_Package_v2.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée PARSEC - PAtteRn SEarch / Context with OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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PARSEC - RECHERCHE DE MODÈLES / Contexte
DESCRIPTION
La caractérisation des sites génomiques est un enjeu majeur dans la compréhension et l'exploitation des données de séquençage de nouvelle génération. La plupart des sites génomiques sont représentés par des motifs dégénérés courts avec une distribution dispersée et parfois avec une fonction biologique (ex : régulation de l'expression des gènes, patrons d'épissage ou signaux épigénétiques). Ces motifs sont associés à une énorme quantité de bruit et ainsi, le développement d'une plate-forme informatique pour une détection précise des sites génomiques nécessite l'intégration de diverses données biologiques à grande échelle afin de filtrer les faux positifs.
PARSEC représente une solution intuitive, modulaire (facilement extensible) et tout-en-un pour l'intégration efficace de nombreuses informations génomiques diverses afin d'effectuer une localisation et une caractérisation non linéaires de sites biologiques dans un environnement convivial.
Consultez le wiki pour connaître la configuration matérielle requise et les navigateurs pris en charge.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Basée sur le Web
Langage de programmation
C++, Java
Environnement de base de données
JDBC, MySQL, PostgreSQL (pgsql)
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/genomicparsec/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
