Il s'agit de l'application Linux nommée PASHA : Parallelized Short Read Assembly dont la dernière version peut être téléchargée en tant que Pasha-1.0.10.tar.bz2. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée PASHA : Parallelized Short Read Assembly avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
PASHA : assemblage de lecture courte parallélisé
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DESCRIPTION
PASHA est un assembleur parallèle à lecture courte pour les grands génomes utilisant des graphes de Bruijn. Profitant à la fois des processeurs multicœurs à mémoire partagée et des clusters de calcul à mémoire distribuée, PASHA a démontré son potentiel pour effectuer un assemblage de novo de haute qualité de grands génomes dans un délai raisonnable avec des ressources informatiques modestes. Notre évaluation à l'aide de trois petits ensembles de données appariées montre que PASHA est capable de produire de meilleurs assemblages avec une couverture du génome et des taux de mauvais assemblage comparables à ceux de trois principaux assembleurs : Velvet, ABySS et SOAPdenovo. De plus, PASHA atteint la vitesse la plus rapide pour les trois ensembles de données sur un seul processeur. Pour le génome humain, PASHA atteint une qualité d'assemblage compétitive avec ABySS et est capable de terminer l'assemblage en environ 21 heures, ce qui est environ 2.38 fois plus rapide qu'ABySS sur les mêmes configurations matérielles.
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pasha/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
