Il s'agit de l'application Linux nommée piv_clustering à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom piv_clustering_1.3.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée piv_clustering pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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piv_clustering à exécuter sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Ce programme permet d'effectuer une analyse structurelle en cluster de trajectoires atomiques obtenues, par exemple, à partir de simulations de dynamique moléculaire.Contrairement à d'autres approches, il est possible d'analyser également des processus en solution, par exemple des réactions chimiques dans l'eau liquide, car la métrique de distance est basée sur un vecteur invariant de permutation (PIV) qui est symétrique sous l'échange d'atomes ou de molécules identiques, y compris sur le même pied les degrés de liberté de soluté et de solvant. L'approche est générale et la définition de PIV ne nécessite que de préciser la gamme de distances interatomiques qui est pertinente pour le processus à l'étude. Alternativement, les coordonnées topologiques SPRINT peuvent également être utilisées, qui sont particulièrement adaptées aux nanostructures.
Le résultat est une partition de la trajectoire en quelques groupes structurels (c'est-à-dire des ensembles de cadres), permettant une analyse et une visualisation plus simples.
Veuillez lire et citer Gallet & Pietruci, J. Chem. Phys. 139, 074101 (2013)
Fonctionnalités:
- Regroupement structurel de trajectoires atomistiques
- Invariance de permutation : cristaux, solides amorphes, liquides, nanostructures
- Toutes les cellules de simulation sont prises en charge (de l'orthorombique au triclininc)
- Implémentation MPI parallèle
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Fortran
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/pivclustering/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
