Il s'agit de l'application Linux nommée PolyCTLDesigner à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous dist_PolyCTLDesigner.0.3.a.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PolyCTLDesigner pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
PolyCTLDesigner pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Compte tenu des peptides (épitopes de cellules T), PolyCTLDesigner sélectionne des séquences flanquantes pour optimiser la liaison TAP et joint les oligopeptides résultants dans un polyépitope de manière à libérer efficacement les épitopes potentiels par traitement protéasomal et/ou immunoprotéasomal et à minimiser le nombre d'épitopes jonctionnels. Pour construire des polyépitopes, PolyCTLDesigner utilise des modèles connus d'acides aminés de clivage du protéasome et de spécificité de liaison au TAP. PolyCTLDesigner est également capable de choisir des peptides antigéniques couvrant le répertoire HLA sélectionné avec le taux de redondance souhaité. Compte tenu des séquences antigéniques, PolyCTLDesigner est également capable de sélectionner des épitopes T auxiliaires. Pour prédire les épitopes des lymphocytes T, il utilise TEpredict.Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/polyctldesigner/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
