Il s'agit de l'application Linux nommée primeScaff dont la dernière version peut être téléchargée en tant que primeScaff-v1.6.1_linux_x86_64.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée primeScaff avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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primeScaff
DESCRIPTION
primeScaff est destiné à automatiser le processus parfois fastidieux de conception manuelle de paires d'amorces spécifiques autour des lacunes des échafaudages génomiques et à accélérer l'étape de finition du génome d'un projet de séquençage du génome. Il intègre la recherche de répétition de novo à l'aide de RECON pour éviter autant que possible la conception d'amorces dans des régions répétitives et offre la possibilité d'affiner facilement les options de conception d'amorces à l'aide de primer3. Il génère les annotations de répétition, d'écart et d'amorce dans gff2 et gff3 pour charger et visualiser facilement les résultats à l'aide d'outils comme UGENE (recommandé) ou artemis.
Features
- Masquage de répétition itératif de novo en utilisant itérativement RECON
- Conception automatique d'amorces autour de centaines d'espaces dans les échafaudages en quelques secondes
- Peut être utilisé dans n'importe quel pipeline d'assemblage, juste besoin d'un fichier FASTA standard
- Solution pour les projets d'assemblage de novo sans référence proche
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/primescaff/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
