Il s'agit de l'application Linux nommée SASHIMI dont la dernière version peut être téléchargée en tant que TPP_Setup_6.3.3.exe. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée SASHIMI avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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SASHIMIA
DESCRIPTION
Le projet Sashimi héberge le Trans-Proteomic Pipeline (TPP), une suite mature d'outils pour la protéomique basée sur les spécifications de masse (MS, MS/MS) : validation statistique, quantification, visualisation et conversions des données MS brutes en mzML/ouvert. Formats mzXML.
Fonctionnalités:
- Moteurs de recherche de base de données (comète, etc.)
- SpecraST (moteur de recherche de bibliothèque de spectre)
- Recherche de masse ouverte (Magnum, etc.)
- Kojak (recherche de liens croisés)
- Analyse DDA
- DISCo (analyse DIA)
- reSpect (analyse du spectre chimérique)
- Quantification MS1 et MS2 avec et sans étiquette
- Génération de base de données leurre
- PeptideProphet (validation du niveau PSM)
- iProphet (Validation du niveau de peptide)
- PTMProphet (validation de modification post-traductionnelle)
- Validation du niveau de protéines
- Génération de bibliothèque de spectre
- Outils de visualisation de données
- Catalogage et prédiction des temps de rétention
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Basé sur le Web, ligne de commande
Langage de programmation
Python, Perl, C++, C, JavaScript, Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/sashimi/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.