Il s'agit de l'application Linux nommée simulation_pcr dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de simulation_PCR-v1.2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée simulation_pcr avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
simuler_pcr
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DESCRIPTION
L'évaluation de la spécificité de l'amorce et la prédiction des produits d'amplification souhaités et hors cible sont une étape essentielle pour la conception robuste d'un test PCR. Ce script prédit les amplicons potentiels de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) dans une grande base de données de séquences telle que NCBI nt à partir d'un simpleplex ou d'un grand ensemble multiplexé d'amorces, permettant aux bases d'amorces et de sondes dégénérées, avec une tolérance de mésappariement cible et une plage de longueur d'amplicon à définir par l'utilisateur. Le code de simulation d'amplicon PCR annote également les amplicons avec des informations génétiques téléchargées automatiquement à partir du NCBI, et il peut éventuellement prédire s'il existe également des correspondances de sonde TaqMan/Luminex dans les amplicons prédits. Il s'agit d'un script Perl en ligne de commande open source appelé simulation_PCR.pl qui appelle les programmes BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn et blastdbcmd, et l'utilitaire NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
