Il s'agit de l'application Linux nommée VarScan dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom VarScan.v2.3.9.jar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée VarScan avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Analyse Var
DESCRIPTION
Détection de variantes dans le séquençage massivement parallèle. Pour un échantillon, appelle les SNP, les indels et les génotypes consensus. Pour les paires normales à la tumeur, classe chaque variante en tant que lignée germinale, somatique ou LOH, et détecte également les changements de nombre de copies somatiques. LA DERNIÈRE VERSION EST DISPONIBLE SUR GITHUB
Fonctionnalités:
- Appelle les SNP et les indels à partir des fichiers d'empilement SAMtools
- Filtre les variantes par couverture, profondeur de lecture, fréquence de variante et qualité de base
- Détermine le statut somatique (Somatique, Germline, LOH) pour les paires Tumeur-Normale
- Compare, fusionne et croise deux listes de variantes
- Limite les appels de variantes à un ensemble de positions cibles ou de régions cibles
- Gratuit pour un usage non commercial.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/varscan/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
