![Téléchargement gratuit de ViralFusionSeq [VFS] pour fonctionner sous Linux en ligne Application Linux pour fonctionner en ligne sous Ubuntu en ligne, Fedora en ligne ou Debian en ligne](https://www.onworks.net/imagescropped/viralfusionseq[vfs]toruninlinuxonlineicon.png_3.webp "ViralFusionSeq [VFS] téléchargé pour fonctionner sous Linux en ligne Application Linux pour fonctionner en ligne sous Ubuntu en ligne, Fedora en ligne ou Debian en ligne")
Il s'agit de l'application Linux nommée ViralFusionSeq [VFS] à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ViralFusionSeq [VFS] pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
Ad
![Téléchargez l'outil Web ou l'application Web ViralFusionSeq [VFS] pour l'exécuter sous Linux en ligne](https://www.onworks.net/imagescropped/viralfusionseq[vfs]toruninlinuxonlinescreenshot1.png_3.webp "Téléchargez l'outil Web ou l'application Web ViralFusionSeq [VFS] pour l'exécuter sous Linux en ligne")
![Téléchargez l'outil Web ou l'application Web ViralFusionSeq [VFS] pour l'exécuter sous Linux en ligne](https://www.onworks.net/imagescropped/viralfusionseq[vfs]toruninlinuxonlinescreenshot2.png_3.webp "Téléchargez l'outil Web ou l'application Web ViralFusionSeq [VFS] pour l'exécuter sous Linux en ligne")
ViralFusionSeq [VFS] pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
VFS a été entièrement testé sous le système Ubuntu/Debian.** Annonce 1** : VFS est supérieur à Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Depuis 2016, VFS est le seul outil d'intégration virale disponible sur le système NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) est un outil polyvalent de séquençage à haut débit (HTS) permettant de découvrir des événements d'intégration virale et de reconstruire des transcrits de fusion à une résolution de base unique.
VFS combine des informations d'écrêtage logiciel, une analyse de paires de lecture et un assemblage de novo ciblé pour découvrir et annoter les événements de fusion viraux-humains.
Un modèle statistique empirique simple mais efficace est utilisé pour évaluer la qualité des points de rupture de fusion.
Des paramètres définis par l'utilisateur minimaux sont requis.
Le code source avec le manuel d'utilisation et le guide d'installation de VFS est disponible dans la section "Fichiers" de sourceforge.
Citation: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Fonctionnalités:
- Applicable et entièrement testé à l'aide des données RNA-Seq et DNA-Seq
- Utilisez à la fois les informations de séquence coupée (CS) et d'extrémités appariées (RP) pour découvrir l'intégration virale
- Reconstruction de la séquence du transcrit de fusion à l'aide des informations CS et RP
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
