Il s'agit de l'application Linux nommée Virmid dont la dernière version peut être téléchargée sous Virmid-1.2.0.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Virmid avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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virmide
DESCRIPTION
NEWS :
11-07-2013 Une nouvelle version Virmid 1.1.0 a été mise en ligne.
08/29/2013 L'article Virmid est maintenant publié dans Genome Biology.
Kim S et al, "Virmid : détection précise des mutations somatiques avec inférence d'impureté d'échantillon", Genome Biology 2013, 14: R90
http://genomebiology.com/2013/14/8/R90/abstract
Virmid (Virtual Microdissection for SNP calling) est un appelant de variante basé sur Java conçu pour les échantillons appariés de contrôle des maladies. Virmid est également spécialisé dans l'identification du potentiel de contamination individuelle lorsque l'échantillon de la maladie ne peut pas être suffisamment purifié. Alors que le taux d'appel des SNP est gravement compromis par cette hétérogénéité, Virmid peut découvrir des SNP à faible fréquence allélique en tenant compte du niveau de contamination (alpha). Les caractéristiques importantes de Virmid sont :
• Estimation de la proportion précise de l'échantillon de contrôle dans un échantillon de maladie (mixte)
• Amélioration de l'appel des SNP et des mutations somatiques par rapport à la proportion estimée
Fonctionnalités:
- Recherche de mutation somatique
- Échantillon d'inférence d'impureté
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/virmid/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
