Il s'agit de l'application Windows DEBay, utilisable en ligne sous Windows via Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous Results.rar. Elle est également disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée DEBay pour l'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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DEBay fonctionnera sous Windows en ligne plutôt que sous Linux en ligne
DESCRIPTION
DEBay : Déconvolution d'ensemble par approche bayésienneDEBay estime l'expression génique spécifique d'un type cellulaire par déconvolution des données de PCR quantitative d'une population mixte. Cette méthode est utile dans les expériences où la ségrégation des différents types cellulaires d'un échantillon est complexe, mais où la proportion de différents types cellulaires peut être mesurée. DEBay utilise les données de distribution de la population et les données de qPCR pour calculer l'expression relative du gène cible dans les différents types cellulaires de l'échantillon.
Instructions d'installation et manuel d'utilisation de DEBay : https://sourceforge.net/projects/debay/files/UserManual.pdf
Exemple d'ensemble de données de test : https://sourceforge.net/projects/debay/files/Test_data/
Informations sur la citation : Vimalathithan Devaraj et Biplab Bose. DEBay : outil informatique de déconvolution des données de PCR quantitatives pour l'estimation de l'expression génique spécifique du type cellulaire dans une population mixte. bioRxiv 2020 doi : https://doi.org/10.1101/2020.04.10.035642
Comment ça marche
- Déconvolute l'expression des gènes spécifiques au type de cellule à partir de données PCR quantitatives
- Déconvolue les données d'expression génétique dépendantes et indépendantes du temps
- Utilise la méthode bayésienne d'estimation des paramètres
- Donne les statistiques des paramètres estimés
Audience
Science/Recherche, Éducation, Ingénierie
Interface utilisateur
Project est un système d'interface utilisateur (UI)
Langage de programmation
Python
Cette application est également disponible sur https://sourceforge.net/projects/debay/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
