Il s'agit de l'application Windows nommée FUNseq dont la dernière version peut être téléchargée sous ProcessStack2D.exe. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée FUNseq avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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FUNséq
DESCRIPTION
Cette page montre le programme de segmentation/suivi des cellules pour le pipeline FUNseq.
L'identification d'un sous-ensemble clairsemé de cellules cancéreuses à partir d'une grande population hétérogène, basée sur des phénotypes agressifs (comme la migration invasive, les divisions multipolaires ou le développement de lignée asymétrique) est difficile. En outre, une telle identification des aberrations est essentielle, car les cellules présentant ces caractéristiques sont linéairement corrélées avec un mauvais pronostic. Un microscope de dépistage à haut débit a été développé dans notre groupe pour capturer ces cellules cancéreuses rares et anormales. Un programme pour identifier ces cellules d'intérêt de manière précise et rapide est essentiel. Pour cela, nous avons développé le programme mTGMM, qui suit les cellules d'images à haut débit, et détermine les phénotypes agressifs.
Comment ça marche
- Prétraitement d'image : nous fournissons des méthodes pour ajuster la qualité des images avec un profil d'intensité de fluorescence hétérogène entre les cellules
- Segmentation des noyaux parallèles : Nous avons utilisé un bassin versant agglomératif pour la segmentation cellulaire
- Suivi à l'aide de modèles gaussiens : le profil d'intensité d'un noyau est modélisé sous la forme d'une distribution gaussienne 2D. Le suivi des noyaux est effectué en transmettant chaque gaussien du point t à (t + 1) en utilisant l'inférence bayésienne, avec une connaissance a priori que la position, la forme, l'intensité globale des noyaux ne peuvent pas changer de façon spectaculaire entre deux points temporels consécutifs.
- Extraction de caractéristiques : il s'agit de la post-analyse par laquelle nous générons une table de caractéristiques avec des enregistrements de migration cellulaire, de division et d'intensité intra-cellulaire.
- Visualisation des données : Nous fournissons des options pour visualiser les masques cellulaires, les trajectoires de migration, les divisions cellulaires et les détections de morphologie.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/funseq/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
