Il s'agit de l'application Windows nommée Gen3D dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom gen3d.cpp. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Gen3D avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
Ad
Gen3D
DESCRIPTION
Gen3D est une application conçue pour déterminer des modèles tridimensionnels de génomes et de chromosomes. Il utilise des données de contact chromosomiques pour construire des conformations tridimensionnelles. Cette méthode permet de générer des modèles chromosomiques tridimensionnels satisfaisant une grande partie des contacts chromosomiques.
Le logiciel est développé dans le laboratoire de bioinformatique, d'exploration de données et d'apprentissage automatique du professeur Jianlin Cheng du département d'informatique de l'Université du Missouri - Columbia, États-Unis. Le projet est soutenu par la National Science Foundation (subvention n° DBI1149224).
Si vous utilisez Gen3D dans vos recherches, merci de citer :
Nowotny, Jackson, Sharif Ahmed, Lingfei Xu, Oluwatosin Oluwadare, Hannah Chen, Noelan Hensley, Tuan Trieu, Renzhi Cao et Jianlin Cheng. « Reconstruction itérative de modèles tridimensionnels de chromosomes humains à partir de données de contact chromosomiques. » BMC bioinformatique 16, no. 1 (2015) : 338.
Fonctionnalités:
- Utiliser les données de contact chromosomiques acquises à l'aide de la technique Hi-C
- Construire des modèles de génome structurel et de chromosomes 3D à partir de données de contact chromosomiques
- Initialiser les coordonnées en utilisant l'approche probabiliste
- Nouvelle méthode pour représenter les contacts satisfaits dans la matrice de carte thermique
- Schémas de notation pour déterminer les contacts longue et courte portée
- Comparé à d'autres méthodes existantes et également validé avec les caractéristiques du génome
Audience
Sciences/Recherche, Ingénierie
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/gen3d/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.