Il s'agit de l'application Windows nommée kallisto dont la dernière version peut être téléchargée en tant que kallisto_windows-v0.50.0.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Kallisto avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Kallisto
DESCRIPTION
kallisto est un programme de quantification quasi optimale des abondances de transcrits à partir de données RNA-Seq, ou plus généralement de séquences cibles à l'aide de lectures de séquençage à haut débit. Il est basé sur l'idée d'utiliser le pseudo-alignement pour déterminer rapidement la compatibilité des lectures et des cibles, sans avoir besoin d'alignement.
Selon des benchmarks effectués sur un ordinateur de bureau Mac, kallisto peut quantifier 30 millions de lectures d'ARN-seq en vrac humain en moins de 3 minutes avec seulement les séquences de lecture et un index de transcriptome, qui en soi peut prendre plus de 10 minutes à construire. Et comme il utilise le pseudo-alignement, il est robuste aux erreurs de lecture et préserve les informations clés nécessaires à la quantification. Cela rend kallisto non seulement rapide mais aussi très précis. Dans de nombreux benchmarks, il surpasse même largement les outils existants.
Fonctionnalités:
- Utilise le pseudo-alignement
- Rapide et précis
- L'ARN-Seq en vrac quantifié peut être analysé avec un détective
- Peut être utilisé avec des bustools pour prétraiter les données de séquençage d'ARN unicellulaire
Langage de programmation
C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.