Il s'agit de l'application Windows nommée MCPerm : permutation Monte Carlo SNP pour s'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom MCPerm_1.1.2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée MCPerm : permutation Monte Carlo SNP pour une exécution gratuite sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
MCPerm : permutation Monte Carlo SNP pour s'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne
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DESCRIPTION
MCPerm : Une méthode de permutation de Monte Carlo pour la corrélation de tests multiples dans une étude d'association cas-témoinsLe test de permutation traditionnel (TradPerm) est une méthode d'analyse non paramétrique importante qui peut être considérée comme l'étalon-or pour les corrections de tests multiples dans les études d'association cas-témoins. Cependant, il s'appuie sur les données de génotypes et de phénotypes du polymorphisme nucléotidique unique (SNP) d'origine pour effectuer un grand nombre de remaniements aléatoires, ce qui nécessite beaucoup de calculs, en particulier pour l'étude d'association pangénomique (GWAS). Pour améliorer la vitesse de calcul sans changer la taille de la valeur p de TradPerm, nous avons développé une méthode de permutation Monte Carlo (MCPerm) comme alternative efficace à TradPerm.
Méthodes : MCPerm n'a pas besoin de mélanger les données de génotypes et de phénotypes d'origine. Il utilise la méthode de Monte Carlo, utilise une distribution hypergéométrique en deux étapes pour générer le nombre aléatoire de génotypes (AA, Aa et aa) dans les cas et les témoins.
Langage de programmation
B / R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
