Il s'agit de l'application Windows nommée ShuffleFastaSeq dont la dernière version peut être téléchargée en tant que ShuffleFastaSeq.exe. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée ShuffleFastaSeq avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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MélangerFastaSeq
DESCRIPTION
ShuffleFastaSeq est une application de formulaire Windows, écrite en C#, pour mélanger les séquences au format FASTA. La permutation aléatoire est obtenue à l'aide d'une simple variation de l'algorithme de Fisher-Yates implémenté par Durstenfeld (https://en.wikipedia.org/wiki/Fisher%E2%80%93Yates_shuffle) ( Knuth DE. L'art de la programmation informatique : algorithmes semi-numériques. 3e éd. Boston : Addison-Wesley ; 1997). Le fichier d'entrée contient une ou plusieurs séquences au format FASTA. Le nombre de mélanges (n) pour chaque séquence peut être défini ; par défaut, n est 100. Le fichier de sortie contient n copies mélangées au format FASTA pour chaque séquence d'entrée.
Par exemple (n=3) :
Fichier d'entrée:
>a
ACGT
>b
GCCCATTC
Fichier de sortie:
>a
TCGAG
>a
CGAGT
>a
TGCGA
>b
CACTCCGT
>b
CCCGTATC
>b
CCTTCAGC
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Win32 (MS Windows)
Langage de programmation
C#
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/shufflefastaseq/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.