Il s'agit de l'application Windows nommée Universal-mer dont la dernière version peut être téléchargée sous Universal-MerV1.0.0.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Universal-mer avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Universel-mer
DESCRIPTION
Universal-Mer est un outil de comptage de k-mer pour toutes les tailles possibles de k à la fois. Plus que les outils de comptage de k-mer typiques, le programme peut résumer le résultat exact du comptage de 1-mers en l-mers à la fois où l = la longueur de la plus longue sous-chaîne répétée dans la séquence d'entrée où maintenant la longueur maximale est fixée à 100000- mers. Le programme peut rapporter exactement le nombre de tous les mers répétés (freq>1) et uniques(freq = 1), et le nombre de toutes les sous-chaînes possibles de séquences sans couper les mers à basse fréquence.
Les fichiers d'entrée peuvent être au format texte ou fasta. L'alphabet d'entrée est désormais uniquement {A, C, G, T}. Les fichiers texte d'entrée seront concernés au format fasta sans ligne de description. Après avoir compté et construit la base de données de toutes les longueurs possibles k de k-mer terminées, l'utilisateur peut choisir dans le menu n'importe quelle taille de k pour compter un histogramme, vider les k-mers, interroger une sous-chaîne et résumer tous les k possibles.
Fonctionnalités:
- Résume les 1-mers répétés et uniques distincts aux l-mers où l = la plus longue longueur de répétitions
- Compter un histogramme de k-mers où 1<=k<= la longueur d'une séquence d'entrée
- Compter un histogramme de k-mers canoniques où 1<=k<= la longueur d'une séquence d'entrée
- Dump k-mers où 1<=k<= la longueur d'une séquence d'entrée
- Vider les k-mers canoniques où 1<=k<= la longueur d'une séquence d'entrée
- Interroger un k-mer n'importe quelle taille de k où k<=200000 dans les séquences d'entrée.
- Trouver la plus longue sous-chaîne répétée d'une séquence d'entrée.
Interface utilisateur
Console/Terminal, ligne de commande
Langage de programmation
C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/universal-mer/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.