यह कमांड अबाकास है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स मुफ्त होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
अबाकास - इकट्ठे अनुक्रमों का एल्गोरिथम आधारित स्वचालित संयोजन
SYNOPSIS
अबाकास -r रेफरी -q qs -p ठेला [विकल्प]
OR
अबाकास -r रेफरी -q PSF -e
रेफरी एकल फास्टा फ़ाइल में संदर्भ अनुक्रम
qs मल्टी-फास्टा प्रारूप में कॉन्टिग्स
रोग उपयोग के लिए MUMmer प्रोग्राम: 'न्यूमर' या 'प्रोमर'
PSF फास्टा प्रारूप में स्यूडोमोलेक्यूल/आदेशित अनुक्रम फ़ाइल
विकल्प
-h मुद्रण उपयोग
-d डिफ़ॉल्ट न्यूमर/प्रोमर पैरामीटर का उपयोग करें
-s सटीक मिलान वाले शब्द की न्यूनतम लंबाई (nucmer default = 12, promer default
= 4)
-m मल्टीफ़ास्टा प्रारूप में फाइल करने के लिए ऑर्डर किए गए कॉन्टिग्स को प्रिंट करें
-b फ़ाइल के लिए बिन में कॉन्टिग्स प्रिंट करें
-N "एन" के बिना एक छद्म अणु प्रिंट करें
-i पूर्णांक न्यूनतम प्रतिशत पहचान [डिफ़ॉल्ट 40]
-v int न्यूनतम कॉन्टिग कवरेज [डिफ़ॉल्ट 40]
-V पूर्णांक न्यूनतम कॉन्टिग कवरेज अंतर [डिफ़ॉल्ट 1]
-l पूर्णांक न्यूनतम कॉन्टिग लंबाई [डिफ़ॉल्ट 1]
-t उन कॉन्टिग्स पर tblastx चलाएँ जो मैप नहीं किए गए हैं
-g स्ट्रिंग (फ़ाइल नाम) फ़ाइल नाम के संदर्भ में खुले क्षेत्रों (अंतराल) को प्रिंट करें
-a बिन में स्यूडोमोलेक्यूल में कंटिग्स जोड़ें
-o उपसर्ग आउटपुट फ़ाइलों में यह उपसर्ग होगा
-P अंतरालों को बंद करने के लिए प्राइमर सेट चुनें
-f प्राइमर डिज़ाइन के लिए गैप के दोनों ओर फ़्लैंकिंग बेस की पूर्ण संख्या (डिफ़ॉल्ट
350)
-R int रन ममर [डिफ़ॉल्ट 1, उपयोग करें -R 0 ममर चलाने से बचने के लिए]
-e कॉन्टिग ऑर्डर से बचें यानी प्राइमर डिज़ाइन पर जाएं
-c सन्दर्भ क्रम वृत्ताकार है
वर्णन
ABACAS का उद्देश्य तेजी से सन्निहित (संरेखित करना, व्यवस्थित करना, उन्मुख करना), कल्पना करना और डिजाइन करना है
संदर्भ अनुक्रम के आधार पर शॉटगन असेंबल किए गए कंटिग्स पर अंतराल को बंद करने के लिए प्राइमर।
ABACAS संरेखण स्थितियों को खोजने और इकट्ठे अंडकोषों की सिन्टेनियों की पहचान करने के लिए MUMmer का उपयोग करता है
संदर्भ के विरुद्ध. फिर आउटपुट को एक छद्म अणु उत्पन्न करने के लिए संसाधित किया जाता है
खाते में ओवरलैपिंग कंटिग्स और अंतराल। ABACAS एक तुलना फ़ाइल तैयार करता है जो कर सकती है
ACT में आदेशित और उन्मुखी आकृतियों को देखने के लिए उपयोग किया जा सकता है। सिन्टेनी को लाल रंग से दर्शाया जाता है
बार जहां बीच में प्रतिशत पहचान के कम मूल्यों के साथ रंग की तीव्रता कम हो जाती है
तुलनीय ब्लॉक. संपर्कों पर जानकारी जैसे अभिविन्यास, प्रतिशत पहचान,
आउटपुट को लोड करके अन्य कॉन्टिग्स के साथ कवरेज और ओवरलैप की भी कल्पना की जा सकती है
ACT पर फ़ीचर फ़ाइल।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन अबाकास का उपयोग करें
