ABYSS - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ABYSS - शॉर्ट रीड्स को कंटिग्स में असेंबल करें

SYNOPSIS

रसातल [विकल्प] ... फ़ाइल...

वर्णन

सभी इनपुट फाइलों को इकट्ठा करें, FILE, जो FASTA, FASTQ, qseq, निर्यात, SRA, SAM या में हो सकती है
BAM प्रारूप और gz, bz2 या xz के साथ संपीड़ित किया जा सकता है और तारांकित किया जा सकता है।

ABySS के साथ पूर्ण असेंबली चलाने के इच्छुक उपयोगकर्ताओं को abyss-pe का उपयोग करने की अनुशंसा की जाती है
ABYSS कार्यक्रम के बजाय प्रवेश बिंदु। abyss-pe एक Makefile है जो कई का समन्वय करता है
पूर्ण ABySS असेंबली पाइपलाइन को चलाने के लिए ABySS टूल (ABYSS सहित) का।
abyss-pe कई ऐसे काम करने में सक्षम है जो ABYSS नहीं है, जैसे कि इसका लाभ उठाना
पेयर एंड रीड और मेट पेयर रीड्स द्वारा प्रदान की गई दूरी की जानकारी।

-- शुद्धता
अनचाही पठन को त्यागें [डिफ़ॉल्ट]

--कोई शुद्धता
अशुद्ध पठन को न छोड़ें

-- ट्रिम-नकाबपोश
रीड के सिरों से नकाबपोश आधारों को ट्रिम करें [डिफ़ॉल्ट]

--नो-ट्रिम-नकाबपोश
पठन के छोर से नकाबपोश आधारों को ट्रिम न करें

-q, --ट्रिम-गुणवत्ता=द्वार
रीड्स के सिरों से ट्रिम बेस जिनकी गुणवत्ता थ्रेशोल्ड से कम है

-Q, --मुखौटा गुणवत्ता=द्वार
उन सभी ठिकानों को मास्क करें जिनकी गुणवत्ता थ्रेशोल्ड से कम है

--प्रमाणिक गुणवत्ता
शून्य गुणवत्ता `!' है (33)
FASTQ और SAM फ़ाइलों के लिए डिफ़ॉल्ट

--इलुमिना-गुणवत्ता
शून्य गुणवत्ता `@' है (64)
qseq और निर्यात फ़ाइलों के लिए डिफ़ॉल्ट

-o, --बाहर=फ़ाइल
FILE को कंटिग्स लिखें

-k, --किमर=KMER_आकार
के-मेर आकार

-t, --ट्रिम-लंबाई=TRIM_LENGTH
लटकने वाले किनारों की अधिकतम लंबाई ट्रिम करने के लिए

-c, --कवरेज=कवरेज
इस थ्रेशोल्ड से कम माध्य k-मेर कवरेज वाले कंटिग्स को हटा दें

-b, --बुलबुले=N
N bp से छोटे पॉप बबल (डिफ़ॉल्ट: 3*k)।

-b0, --नो-बुलबुले
बुलबुले न फोड़ें

-e, --इरोड=कवरेज
इस थ्रेशोल्ड से कम कवरेज वाले ब्लंट कंटिग्स के सिरों पर इरोड बेस

-E, --इरोड-स्ट्रैंड=कवरेज
इस थ्रेशोल्ड से कम कवरेज वाले ब्लंट कंटिग्स के सिरों पर इरोड बेस
या तो किनारा

--कवरेज-इतिहास=फ़ाइल
FILE में k-मेर कवरेज हिस्टोग्राम रिकॉर्ड करें

-g, --ग्राफ=फ़ाइल
डॉट प्रारूप में एक ग्राफ उत्पन्न करें

-s, - एसएनपी=फ़ाइल
FILE में पॉप किए गए बुलबुले रिकॉर्ड करें

-v, --शब्दशः
वर्बोज़ आउटपुट प्रदर्शित करें

--मदद इस मदद और बाहर निकलने प्रदर्शित

--संस्करण
उत्पादन संस्करण जानकारी और बाहर निकलें

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ABYSS का ऑनलाइन उपयोग करें