एबिस-पे - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एबिस-पे - असेंबल रीड्स इन कॉन्टिग्स

SYNOPSIS

रसातल-पे [विकल्प]...[पैरामीटर=मूल्य]...[MAKE_TARGET] ...

वर्णन

इनपुट फ़ाइलों के रीड्स को कॉन्टिग्स में इकट्ठा करें। रीड्स FASTA, FASTQ, में हो सकते हैं
qseq, निर्यात, SRA, SAM या BAM प्रारूप और gz, bz2 या xz के साथ संपीड़ित किया जा सकता है और हो सकता है
तारकोलयुक्त.

एबिस-पे एक मेकफ़ाइल स्क्रिप्ट है। मेक के किसी भी विकल्प का उपयोग एबिस-पे के साथ भी किया जा सकता है।

पैरामीटर्स of रसातल-पे
नाम, कार्य नाम
इस सभा का नाम. परिणामी मचानों को संग्रहित किया जाएगा
${नाम}-scaffolds.fa.

in इनपुट फ़ाइलें. किसी एकल लाइब्रेरी से डेटा असेंबल करते समय इस वेरिएबल का उपयोग करें।

lib व्हाइटस्पेस से अलग किए गए युग्मित-अंत लाइब्रेरी नामों की एक उद्धृत सूची। इस वेरिएबल का उपयोग करें
एकाधिक युग्मित-अंत पुस्तकालयों से डेटा इकट्ठा करते समय। प्रत्येक पुस्तकालय के नाम के लिए
lib, उपयोगकर्ता को कमांड लाइन पर उसी नाम से एक वेरिएबल परिभाषित करना होगा, जो
उस लाइब्रेरी के लिए पढ़ी गई फ़ाइलों को इंगित करता है। देखना उदाहरण कंक्रीट के लिए नीचे
उपयोग का उदाहरण.

pe युग्मित-अंत पुस्तकालयों की सूची जिनका उपयोग केवल यूनिटिग्स को विलय करने के लिए किया जाएगा
contigs और सर्वसम्मति अनुक्रम में योगदान नहीं देंगे।

mp मेट-जोड़ी पुस्तकालयों की सूची जिनका उपयोग मचान के लिए किया जाएगा। मेट-जोड़ी पुस्तकालय
सर्वसम्मति क्रम में योगदान न करें।

लंबा लंबे अनुक्रम पुस्तकालयों की सूची जिनका उपयोग पुनर्निर्माण के लिए किया जाएगा। लंबा क्रम
पुस्तकालय सर्वसम्मति अनुक्रम में योगदान नहीं करते हैं।

se एकल-अंत पढ़ने वाली फ़ाइलें

a बुलबुले की शाखाओं की अधिकतम संख्या [2]

b बुलबुले की अधिकतम लंबाई (बीपी) [10000]

c यूनिटिग का न्यूनतम माध्य के-मेर कवरेज [sqrt(माध्यिका)]

d दूरी अनुमान की स्वीकार्य त्रुटि (बीपी) [6]

e न्यूनतम क्षरण के-मेर कवरेज [sqrt(माध्यिका)]

E प्रति स्ट्रैंड न्यूनतम क्षरण के-मेर कवरेज [1]

j धागों की संख्या [2]

k के-मेर का आकार (जब के सेट नहीं है) या के-मेर जोड़ी का विस्तार (जब के सेट है)

K के-मेर जोड़ी में एकल के-मेर का आकार (बीपी)

l रीड की न्यूनतम संरेखण लंबाई (बीपी) [के]

m दो यूनिटिग्स का न्यूनतम ओवरलैप (बीपी) [30]

n कंटीग्स के निर्माण के लिए आवश्यक जोड़ियों की न्यूनतम संख्या [10]

N मचान बनाने के लिए आवश्यक जोड़ियों की न्यूनतम संख्या [n]

p बुलबुले की न्यूनतम अनुक्रम पहचान [0.9]

q ट्रिमिंग करते समय न्यूनतम आधार गुणवत्ता [3]
रीड्स के सिरों से आधारों को ट्रिम करें जिनकी गुणवत्ता कम q है।

Q न्यूनतम आधार गुणवत्ता [0]
रीड्स के उन सभी आधारों को, जिनकी गुणवत्ता Q से कम है, 'N' के रूप में छिपाएँ।

s कॉन्टिग्स के निर्माण के लिए आवश्यक न्यूनतम यूनिटिग आकार (बीपी) [200]
बीज की लंबाई k के मान से कम से कम दोगुनी होनी चाहिए। यदि अधिक क्रम है
अपेक्षित जीनोम आकार से अधिक एकत्रित, एस बढ़ाने का प्रयास करें।

S मचानों के निर्माण के लिए आवश्यक न्यूनतम कॉन्टिग आकार (बीपी) [एस]

SS एसएस=--एसएस स्ट्रैंड-विशिष्ट मोड में इकट्ठा करने के लिए
आवश्यक है कि सभी लाइब्रेरी स्ट्रैंड-विशिष्ट RNA-Seq लाइब्रेरी हों। ऐसा मानता है
पढ़ी गई जोड़ी में पहली बार पढ़ा गया प्रतिलेख अनुक्रमित WRT है।

t न्यूनतम टिप आकार (बीपी) [2k]

v v=-v वर्बोज़ लॉगिंग सक्षम करने के लिए

np, एनएसएलओटीएस
MPI असेंबली की प्रक्रियाओं की संख्या

mpirun एमपिरून का रास्ता

संरेखित
रीड्स को कॉन्टिग्स [मानचित्र] के साथ संरेखित करने के लिए उपयोग किया जाने वाला प्रोग्राम।
अनुमत मान हैं: मानचित्र, कलिग्नर, बीडब्ल्यूए, बीडब्ल्यूएएसडब्ल्यू, बोटी, बोटी2, डिडा। देखें
दीदा दीडा विकल्प पर अधिक जानकारी के लिए नीचे दिया गया अनुभाग।

cs असेंबली के बाद कलर-स्पेस कॉन्टिग्स को न्यूक्लियोटाइड कॉन्टिग्स में बदलें

ऑप्शंस of बनाना
-n, --पूर्वाभ्यास
उन आदेशों को प्रिंट करें जिन्हें निष्पादित किया जाना है, लेकिन उन्हें निष्पादित न करें।

बनाना लक्ष्य एसटी रसातल-पे
चूक
'स्कैफोल्ड्स स्कैफोल्ड्स-डॉट स्टैटिस्टिक्स' के बराबर।

Unitigs
यूनिटिग्स को इकट्ठा करें।

यूनिटिग्स-डॉट
यूनिटिग ओवरलैप ग्राफ़ को आउटपुट करें।

पे-सैम मैप पेयर-एंड यूनिटिग्स को पढ़ता है और एक एसएएम फ़ाइल आउटपुट करता है। SAM फ़ाइल ही होगी
इसमें अलग-अलग कॉन्टिग्स में रीड्स मैपिंग और रीड आईडी, अनुक्रम और गुणवत्ता शामिल है
स्ट्रिंग्स को '*' वर्णों से बदल दिया जाएगा।

पे-बम मैप पेयर-एंड यूनिटिग्स को पढ़ता है और एक BAM फ़ाइल आउटपुट करता है। BAM फ़ाइल ही होगी
इसमें अलग-अलग कॉन्टिग्स में रीड्स मैपिंग और रीड आईडी, अनुक्रम और गुणवत्ता शामिल है
स्ट्रिंग्स को '*' वर्णों से बदल दिया जाएगा।

पे-सूचकांक
एबिस-मैप द्वारा प्रयुक्त यूनिटिग्स का एक सूचकांक तैयार करें।

contigs
अंडकोषों को इकट्ठा करो।

कॉन्टिग्स-डॉट
कॉन्टिग ओवरलैप ग्राफ़ को आउटपुट करें।

एमपी-सैम मैप मेट-पेयर कंटिग्स को पढ़ता है और एक एसएएम फ़ाइल आउटपुट करता है। SAM फ़ाइल ही होगी
इसमें अलग-अलग कॉन्टिग्स में रीड्स मैपिंग और रीड आईडी, अनुक्रम और गुणवत्ता शामिल है
स्ट्रिंग्स को '*' वर्णों से बदल दिया जाएगा।

एमपी-बम मैप मेट-पेयर कंटिग्स को पढ़ता है और एक BAM फ़ाइल आउटपुट करता है। BAM फ़ाइल ही होगी
इसमें अलग-अलग कॉन्टिग्स में रीड्स मैपिंग और रीड आईडी, अनुक्रम और गुणवत्ता शामिल है
स्ट्रिंग्स को '*' वर्णों से बदल दिया जाएगा।

एमपी-सूचकांक
एबिस-मैप द्वारा उपयोग किए गए कॉन्टिग्स का एक सूचकांक तैयार करें।

मचान
मचान इकट्ठा करो.

मचान-बिंदु
मचान ओवरलैप ग्राफ़ को आउटपुट करें।

स्काफ्टिग्स
मचान तोड़ें और एजीपी फ़ाइल बनाएं।

लंबे-चौड़े स्कैफ़
आरएनए-सेक असेंबल किए गए कंटिग्स का उपयोग करके पुनः मचान।

लंबे स्कैफ़्स-डॉट
आरएनए मचान ओवरलैप ग्राफ़ आउटपुट करें।

आँकड़े असेंबली समीपता आँकड़े प्रदर्शित करें।

स्वच्छ मध्यवर्ती फ़ाइलें हटाएँ.

संस्करण
एबिस-पे का संस्करण प्रदर्शित करें।

संस्करणों
एबिस-पे द्वारा उपयोग किए गए सभी प्रोग्रामों के संस्करण प्रदर्शित करें।

मदद एक उपयोगी संदेश प्रदर्शित करें.

दीदा

एबीवाईएसएस एमपीआई-आधारित डीआईडीए (डिस्ट्रीब्यूटेड इंडेक्सिंग डिस्पैच्ड एलाइनमेंट) के उपयोग का समर्थन करता है
कई मशीनों में अनुक्रम संरेखण की गणना के लिए संरेखण ढांचा। उपयोग करने के लिए
एबीवाईएसएस के साथ डीआईडीए, सबसे पहले डीआईडीए को डाउनलोड और इंस्टॉल करें
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, फिर `dida` को मान के रूप में निर्दिष्ट करें
la संरेखित करने के लिए पैरामीटर रसातल-पे.

डीआईडीए से संबंधित रसातल-पे पैरामीटर
DIDA_MPIRUN
`mpirun` कमांड का उपयोग DIDA नौकरियों को चलाने के लिए किया जाता है।

DIDA_RUN_OPTIONS
रनटाइम विकल्प जैसे कि प्रति एमपीआई रैंक में थ्रेड्स की संख्या और पर्यावरण के लिए मान
चर (जैसे PATH, LD_LIBRARY_PATH). की सूची के लिए `abyss-dida --help` चलाएँ
उपलब्ध विकल्प।

DIDA_OPTIONS
विकल्प जो सीधे डीआईडीए बाइनरी को भेजे जाते हैं। उदाहरण के लिए, इसका उपयोग किया जा सकता है
न्यूनतम संरेखण लंबाई सीमा को नियंत्रित करने के लिए। a के लिए `dida-wrapper --help` चलाएँ
उपलब्ध विकल्पों की सूची।

MPI संगतता
मल्टी-थ्रेडिंग के उपयोग के कारण, DIDA को OpenMPI के साथ गतिरोध संबंधी समस्याओं का पता चला है। का उपयोग करते हुए
DIDA के साथ असेंबली चलाते समय MPICH MPI लाइब्रेरी की पुरजोर अनुशंसा की जाती है। परिक्षण
MPICH 3.1.3 के साथ किया गया, --enable-threads=funneled के साथ संकलित।

उदाहरण
डीआईडीए के लिए अनुशंसित रनटाइम कॉन्फ़िगरेशन 1 एमपीआई रैंक प्रति मशीन और 1 थ्रेड प्रति है
सीपीयू कोर. उदाहरण के लिए, प्रत्येक 3 कोर वाले 12 क्लस्टर नोड्स में एक असेंबली चलाने के लिए, यह करें:

एबिस-पे के=64 नाम=इकोली इन='रीड्स1.एफए रीड्स2.एफए' एलाइनर=डिडा
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -बाइंड-टू बोर्ड'

यह उदाहरण `mpirun` के लिए MPICH कमांड लाइन विकल्पों का उपयोग करता है। यहां, `-np 3` इंगित करता है
एमपीआई रैंक की संख्या, `-पीपीएन 1` प्रति "नोड" एमपीआई रैंक की संख्या को इंगित करता है, और
`-बाइंड-टू बोर्ड` एक "नोड" को एक मदरबोर्ड (यानी एक पूर्ण मशीन) के रूप में परिभाषित करता है।

वातावरण चर

कमांड लाइन पर निर्दिष्ट कोई भी पैरामीटर एक में भी निर्दिष्ट किया जा सकता है
वातावरण विविधता।

पथ इसमें वह निर्देशिका होनी चाहिए जहां ABySS निष्पादनयोग्य स्थापित हैं। 'एबिस' का प्रयोग करें-
यह जांचने के लिए कि PATH सही तरीके से कॉन्फ़िगर किया गया है, peversions` का उपयोग करें।

टीएमपीडीआईआर अस्थायी फ़ाइलों के लिए उपयोग हेतु एक निर्देशिका निर्दिष्ट करता है

समयबद्धक एकीकरण
एबीवाईएसएस क्लस्टर जॉब शेड्यूलर्स के साथ अच्छी तरह से एकीकृत होता है, जैसे:
* एसजीई (सन ग्रिड इंजन)
* पोर्टेबल बैच सिस्टम (पीबीएस)
* लोड शेयरिंग सुविधा (एलएसएफ)
* आईबीएम लोडलेवलर

निर्दिष्ट करने के लिए SGE पर्यावरण चर JOB_NAME, SGE_TASK_ID और NSLOTS का उपयोग किया जा सकता है
पैरामीटर नाम, k और np, क्रमशः, और इसी तरह अन्य शेड्यूलर्स के लिए।

उदाहरण

एक बनती अंत पुस्तकालय
एबिस-पीई के=64 नाम=इकोली इन='रीड्स1.एफए रीड्स2.एफए'

विभिन्न बनती अंत पुस्तकालयों
एबिस-पीई के=64 नाम=इकोली लिब='लिब1 लिब2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

युग्मित अंत और साथी-जोड़ी पुस्तकालयों
एबिस-पीई के=64 नाम=इकोली लिब='पीई1 पीई2' एमपी='एमपी1 एमपी2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

सहित शाही सेना Seq विधानसभाओं
एबिस-पीई के=64 नाम=इकोली लिब=पीई1 एमपी=एमपी1 लंबा=लंबा1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

MPI
एबिस-पे एनपी=8 के=64 नाम=इकोली इन='रीड्स1.एफए रीड्स2.एफए'

SGE
क्यूएसयूबी -एन इकोली -टी 64 -पीई ओपनएमपीआई 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन abyss-pe का उपयोग करें