एलियन_हंटर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एलियन_हंटर - क्षैतिज रूप से पहचान के लिए इंटरपोलेटेड वेरिएबल ऑर्डर मोटिफ्स
अधिग्रहीत डीएनए

SYNOPSIS

एलियन_हंटर [ऑप्शंस]

वर्णन

एलियन_हंटर अनुमानित क्षैतिज जीन स्थानांतरण की भविष्यवाणी के लिए एक एप्लिकेशन है
(एचजीटी) इंटरपोलेटेड वेरिएबल ऑर्डर मोटिफ्स (आईवीओएम) के कार्यान्वयन के साथ कार्यक्रम। एक
आईवीओएम दृष्टिकोण वैरिएबल ऑर्डर मोटिफ वितरण का उपयोग करके संरचना संबंधी पूर्वाग्रहों का फायदा उठाता है
निश्चित-क्रम की तुलना में अनुक्रम की स्थानीय संरचना को अधिक विश्वसनीय रूप से पकड़ता है
तरीके. वैकल्पिक रूप से भविष्यवाणियों को 2-राज्य 2रे क्रम हिडन मार्कोव में पार्स किया जा सकता है
मॉडल (एचएमएम), एक परिवर्तन-बिंदु पहचान ढांचे में, स्थानीयकरण को अनुकूलित करने के लिए
पूर्वानुमानित क्षेत्रों की सीमाएँ। पूर्वानुमान (एम्बल प्रारूप) स्वचालित रूप से हो सकते हैं
आर्टेमिस जीनोम व्यूअर में लोड किया गया यहां निःशुल्क उपलब्ध है:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

इनपुट: कच्चा जीनोमिक अनुक्रम भविष्यवाणी: इंटरपोलेटेड वेरिएबल ऑर्डर पर आधारित एचजीटी क्षेत्र
मोटिफ्स (आईवीओएम) तर्क:


कच्चा जीनोमिक अनुक्रम


आउटपुट डेटा के लिए फ़ाइल नाम

वैकल्पिक तर्क:

-ए भविष्यवाणी फ़ाइल को आर्टेमिस में लोड करने के लिए

-सी एक परिवर्तन-बिंदु पहचान 2 राज्य 2 क्रम एचएमएम के साथ अनुमानित सीमाओं को अनुकूलित करें

आउटपुट फ़ाइलें:


ईम्बल प्रारूप में भविष्यवाणियाँ (टैब फ़ाइल)।

.ऑप्ट
ईम्बल प्रारूप में अनुकूलित (एचएमएम) भविष्यवाणियां (टैब फ़ाइल)।

।कथानक
ग्राफ़ -> जोड़ें का उपयोग करके आर्टेमिस उपयोगकर्ता प्लॉट प्रारूप में भविष्यवाणियों को मैन्युअल रूप से लोड किया जाना है
उपयोगकर्ता प्लॉट...

.ऑप्ट.प्लॉट
आर्टेमिस उपयोगकर्ता प्लॉट प्रारूप में अनुकूलित (एचएमएम) भविष्यवाणियों को मैन्युअल रूप से उपयोग करके लोड किया जाएगा
ग्राफ़ -> उपयोगकर्ता प्लॉट जोड़ें...

.स्को
सभी स्लाइडिंग विंडो पर स्कोर - स्कोर वितरण जांच के लिए

नोट: आरआरएनए ऑपेरॉन के साथ ओवरलैप होने वाली भविष्यवाणियों का उल्लेख नोट क्वालीफायर में किया गया है

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