गेंदें - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

बॉल्स - रैस्टर3डी आणविक ग्राफिक्स पैकेज में स्पेस-फिलिंग मॉडल के लिए प्रीप्रोसेसर

SYNOPSIS

गेंदों [-h]

बॉल्स परमाणु रंगों और/या एक PDB निर्देशांक फ़ाइल का वर्णन करने वाली फ़ाइल को पढ़ता है और एक उत्पन्न करता है
इनपुट फ़ाइल में प्रत्येक परमाणु के लिए Raster3D डिस्क्रिप्टर रिकॉर्ड वाली फ़ाइल। फ़ाइल
द्वारा उत्पादित गेंदों को सीधे खिलाया जा सकता है उपज या इसे डिस्क्रिप्टर के साथ जोड़ा जा सकता है
अन्य Raster3D उपयोगिताओं द्वारा निर्मित फ़ाइलें.

उदाहरण

अवशेष प्रकार द्वारा रंगीन एक सरल स्थान-भरण मॉडल का वर्णन करने के लिए:

cat mycolours.pdb protein.pdb | balls | render > mypicture.png

समान मॉडल के साथ पूर्व-चयनित दृश्य मैट्रिक्स शामिल करने के लिए:

cp view1.matrix setup.matrix
cat mycolours.pdb protein.pdb | balls | render > mypicture.png

पूर्व-चयनित स्केल और दृश्य का वर्णन करने वाले हेडर रिकॉर्ड जोड़ने के लिए:

cat mycolours.pdb protein.pdb | balls -h > balls.r3d
बिल्ली हेडर.r3d गेंदें.r3d | रेंडर > mypicture.png

विकल्प

-h

आउटपुट में हेडर रिकॉर्ड दबाएँ। डिफ़ॉल्ट रूप से गेंदों एक आउटपुट फ़ाइल तैयार करेगा जो
स्केलिंग और प्रोसेसिंग विकल्पों के डिफ़ॉल्ट सेट वाले हेडर रिकॉर्ड से शुरू होता है।
RSI -h फ़्लैग इन हेडर रिकॉर्ड्स को दबा देगा ताकि आउटपुट फ़ाइल में केवल शामिल हो
क्षेत्र वर्णनकर्ता। यह विकल्प उन फ़ाइलों के निर्माण के लिए उपयोगी है जो क्षेत्र के केवल एक भाग का वर्णन करती हैं
एक दृश्य, और जिसे बाद में अन्य द्वारा निर्मित डिस्क्रिप्टर फ़ाइलों के साथ जोड़ा जाना है
कार्यक्रम.

वर्णन

करने के लिए इनपुट गेंदों इसमें एक एकल टेक्स्ट फ़ाइल होती है जिसमें रंग जानकारी और परमाणु शामिल होते हैं
पीडीबी डेटा बैंक प्रारूप में निर्देशांक। निर्देशांक Raster3D डिस्क्रिप्टर के रूप में आउटपुट होते हैं
वर्णित COLO रिकॉर्ड के अनुसार निर्दिष्ट रंगों और गोले की त्रिज्या वाले रिकॉर्ड
नीचे। डिफ़ॉल्ट रूप से, परमाणुओं को CPK रंग दिए जाते हैं। डिफ़ॉल्ट रूप से, आउटपुट फ़ाइल में एक
आवश्यकतानुसार हेडर रिकॉर्ड का सेट उपज कार्यक्रम. हेडर का निर्माण किया गया है
फ़ाइल में निहित परिवर्तन मैट्रिक्स के अनुरूप एक TMAT मैट्रिक्स शामिल करें
सेटअप.मैट्रिक्स (यदि यह मौजूद है), या फ़ाइल में निहित यूलेरियन कोणों के लिए सेटअप.कोण (अगर
यह मौजूद है)।

रंग एक मिलान प्रक्रिया का उपयोग करके परमाणुओं को निर्दिष्ट किए जाते हैं, जिसमें पहले से जुड़े रंग रिकॉर्ड का उपयोग किया जाता है
इनपुट PDB फ़ाइल। Raster3D पहले 4 में COLO के साथ एक छद्म-PDB रिकॉर्ड प्रकार का उपयोग करता है
कॉलम:

स्तंभ

1 - 4 कोलो

7 - 30 मास्क (नीचे वर्णित)

31-38 लाल घटक

39 - 46 हरा घटक

47-54 नीला घटक

एंगस्ट्रॉम्स में 55 - 60 वैन डेर वाल्स त्रिज्या

61 - 80 टिप्पणियाँ

ध्यान दें कि लाल, हरा और नीला घटक X, Y और Z के समान स्थिति में हैं
ATOM या HETA रिकॉर्ड के घटक, और वैन डेर वाल्स त्रिज्या के स्थान पर जाता है
अधिभोग. लाल, हरा और नीला घटक सभी 0 से 1 की सीमा में होने चाहिए।

मिलान प्रक्रिया में मास्क फ़ील्ड का उपयोग निम्नानुसार किया जाता है। सबसे पहले प्रोग्राम में पढ़ता है और
सभी ATOM, HETA, और COLOUR रिकॉर्ड्स को इनपुट क्रम में संग्रहीत करता है। फिर यह प्रत्येक
बदले में संग्रहीत ATOM/HETA रिकॉर्ड, और एक COLOUR रिकॉर्ड की खोज करता है जो मेल खाता है
स्तंभ 7 से 30 तक सभी में ATOM/HETA रिकॉर्ड। ऐसा पहला COLOUR रिकॉर्ड पाया गया
परमाणु का रंग और त्रिज्या निर्धारित करता है।

ताकि एक रंग रिकॉर्ड एक से अधिक के लिए रंग और त्रिज्या विनिर्देश प्रदान कर सके
एक परमाणु (उदाहरण के लिए, अवशेष या परमाणु प्रकार, या किसी अन्य मानदंड के आधार पर जिसके लिए लेबल हो सकते हैं
कॉलम 7 से 30 में कहीं दिया जाना चाहिए), "#" प्रतीक का उपयोग वाइल्डकार्ड के रूप में किया जाता है। यानी ए
# COLOUR रिकॉर्ड में ATOM या HETA में संबंधित कॉलम में किसी भी वर्ण से मेल खाता है
अभिलेख। मिलान के रूप में गिने जाने के लिए अन्य सभी वर्णों का अक्षरशः मिलान होना चाहिए। ध्यान दें कि
इनपुट के अंतिम COLO रिकॉर्ड में 7 से 30 इंच तक के सभी कॉलमों में # प्रतीक होने चाहिए
किसी भी परमाणु के लिए एक रंग प्रदान करने का आदेश जिसका ATOM/HETA रिकॉर्ड किसी भी पिछले से मेल खाने में विफल रहता है
रंग रिकॉर्ड। रंग विनिर्देशों के लिए मास्क मिलान का यह विचार कॉलिन का है
पर लाया गया।

कलर रिकॉर्ड्स की कई फाइलें, जिनमें से एक बॉब फ्लेटेरिक के "शेपली मॉडल्स" पर आधारित है
और एक अन्य नकल सीपीके मॉडल भागों, नमूने के रूप में प्रदान किए जाते हैं।

वातावरण

यदि setup.matrix और setup.angles फ़ाइलें मौजूद हैं, तो वे प्रभावित करती हैं
द्वारा निर्मित हेडर रिकॉर्ड गेंदों.

स्रोत

गुमनाम FTP वेबसाइट:
ftp.bmsc.washington.edu

वेब यूआरएल:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

संपर्क:
एथन ए मेरिटो
वाशिंगटन विश्वविद्यालय, सिएटल WA 98195
[ईमेल संरक्षित]

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