बोटी2-एलाइन-एल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

बोटी2-एलाइन-एल - अनुक्रमण को संरेखित करने के लिए अल्ट्राफास्ट और मेमोरी-कुशल बैकएंड टूल
लंबे संदर्भ अनुक्रमों को पढ़ता है

वर्णन

बेन लैंगमेड द्वारा बॉटी 2 संस्करण 2.2.6 ([ईमेल संरक्षित], www.cs.jhu.edu/~langmea)

उपयोग

Bowtie2-संरेखण [विकल्प]* -x {-2 -2 | -U } [-एस ]


अनुक्रमणिका फ़ाइल नाम उपसर्ग (शून्य से पीछे .X.bt2l)। नोट: बोटी 1 और बोटी 2
सूचकांक संगत नहीं हैं.

#1 साथियों वाली फ़ाइलें, इन फ़ाइलों के साथ युग्मित .

#2 साथियों वाली फ़ाइलें, इन फ़ाइलों के साथ युग्मित .

अयुग्मित पठन वाली फ़ाइलें।

एसएएम आउटपुट के लिए फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट: स्टडआउट)

, , अल्पविराम से अलग की गई सूचियाँ (कोई खाली जगह नहीं) हो सकती हैं और निर्दिष्ट की जा सकती हैं
कई बार। जैसे '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

विकल्प (डिफ़ॉल्ट in कोष्ठक)

इनपुट:
-q क्वेरी इनपुट फ़ाइलें FASTQ .fq/.fastq (डिफ़ॉल्ट) हैं

--qseq क्वेरी इनपुट फ़ाइलें Illumina के qseq प्रारूप में हैं

-f क्वेरी इनपुट फ़ाइलें हैं (बहु-) FASTA .fa/.mfa

-r क्वेरी इनपुट फ़ाइलें कच्ची एक-अनुक्रम-प्रति-पंक्ति हैं

-c , , अनुक्रम स्वयं हैं, फ़ाइलें नहीं

-s/--छोड़ें
पहले छोड़ें इनपुट में पढ़ता/जोड़े (कोई नहीं)

-u/--तक
पहले के बाद रुको पढ़ता/जोड़े (कोई सीमा नहीं)

-5/--ट्रिम5
ट्रिम 5'/पठन के बाएं छोर से आधार (0)

-3/--ट्रिम3
ट्रिम 3'/पठन के दाहिने छोर से आधार (0)

--फ़्रेड33
गुण हैं Phred+33 (डिफ़ॉल्ट)

--फ़्रेड64
गुण हैं Phred+64

--int-qual
स्पेस-सीमांकित पूर्णांक के रूप में एन्कोड किए गए गुण

प्रीसेट:
के समान:

के लिए --शुरू से अंत तक:

--बहुत तेज -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i एस, 0,2.50

--तेज़ -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i एस, 0,2.50

--संवेदनशील -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i एस,1,1.15 (डिफ़ॉल्ट)

--बहुत ही संवेदनशील -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i एस, 1,0.50

के लिए --स्थानीय:

--बहुत तेज़-स्थानीय -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i एस, 1,2.00

--फास्ट-लोकल -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i एस, 1,1.75

--संवेदनशील-स्थानीय -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i एस,1,0.75 (डिफ़ॉल्ट)

--बहुत संवेदनशील-स्थानीय -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i एस, 1,0.50

संरेखण:
-N
बीज संरेखण में अधिकतम # बेमेल; 0 या 1 (0) हो सकता है

-L
बीज सबस्ट्रिंग की लंबाई; होना चाहिए >3, <32 (22)

-i
बीज सबस्ट्रिंग w/r/t रीड लेन के बीच का अंतराल (S,1,1.15)

--एन-सील
अधिकतम # गैर-ए/सी/जी/टी के लिए func aln में अनुमत (L,0,0.15)

--डीपैड
शामिल डीपी तालिका के किनारों पर अतिरिक्त रेफरी वर्ण (15)

--गबारो
भीतर अंतराल को अस्वीकार करें पढ़ने की चरम सीमा (4)

--अनदेखा-योग्य
Phred पैमाने पर सभी गुणवत्ता मूल्यों को 30 के रूप में मानें (बंद)

--nofw पढ़ने (बंद) के आगे (मूल) संस्करण को संरेखित न करें

--नॉर्क पठन (बंद) के विपरीत-पूरक संस्करण को संरेखित न करें

--no-1mm-अपफ्रंट
इष्टतम सीड के लिए स्कैन करने का प्रयास करने से पहले 1 बेमेल संरेखण की अनुमति न दें
संरेखण

--शुरू से अंत तक
संपूर्ण पठन संरेखित होना चाहिए; कोई क्लिपिंग नहीं (चालू)

OR

--स्थानीय
स्थानीय संरेखण; सिरों को नरम काटा जा सकता है (बंद)

स्कोरिंग:
--मा
मैच बोनस (0 के लिए --शुरू से अंत तक, 2 के लिए --स्थानीय)

--एमपी
बेमेल के लिए अधिकतम जुर्माना; कम योग्यता = कम दंड (6)

--एनपी
गैर-ए/सी/जी/टी के लिए पठन/संदर्भ में जुर्माना (1)

--आरडीजी ,
गैप ओपन पढ़ें, पेनल्टी बढ़ाएँ (5,3)

--आरएफ जी ,
संदर्भ अंतर खुला, दंड बढ़ाएँ (5,3)

--स्कोर-मिनट न्यूनतम स्वीकार्य संरेखण स्कोर w/r/t पढ़ने की लंबाई
(स्थानीय के लिए जी,20,8, एंड-टू-एंड के लिए एल,-0.6,-0.6)

रिपोर्टिंग:
(डिफ़ॉल्ट)
MAPQ के साथ कई संरेखण देखें, सर्वोत्तम रिपोर्ट करें

OR

-k
तक रिपोर्ट करें प्रति पठन; एमएपीक्यू सार्थक नहीं है

OR

-a/--सब
सभी संरेखण की रिपोर्ट करें; बहुत धीमा, MAPQ अर्थपूर्ण नहीं है

प्रयास है:
-D
के बाद विस्तार करना छोड़ दें असफल एक पंक्ति में फैलता है (15)

-R
w/दोहराए गए बीजों को पढ़ने के लिए, कोशिश करें बीज के सेट (2)

जोड़ीदार अंत:

-I/--मिनिंस
न्यूनतम टुकड़ा लंबाई (0)

-X/--मैक्सिन्स
अधिकतम टुकड़ा लंबाई (500)

--NS/--आरएफ/--एफएफ -1, -2 साथी एफडब्ल्यू / रेव, रेव / एफडब्ल्यू, एफडब्ल्यू / एफडब्ल्यू (--NS)

--नहीं-मिश्रित
युग्मित पठन के लिए अयुग्मित संरेखण को दबाएं

--नो-डिसॉर्डेंट
युग्मित पठन के लिए असंगत संरेखण को दबाएं

--नो-दोस्ताना
जब साथी एक-दूसरे से आगे बढ़ते हैं तो सहमति नहीं होती

--नहीं-होना
समवर्ती नहीं जब एक साथी संरेखण में अन्य शामिल हों

--नो-ओवरलैप
जब साथी बिल्कुल ओवरलैप करते हैं तो सहमति नहीं होती

आउटपुट:
-t/--समय
खोज चरणों द्वारा लिया गया दीवार-घड़ी का समय प्रिंट करें

--शांत
गंभीर त्रुटियों को छोड़कर stderr पर कुछ भी प्रिंट न करें

--मेट-फाइल
फ़ाइल करने के लिए मेट्रिक्स भेजें (बंद)

--met-stderr
stderr को मेट्रिक्स भेजें (बंद)

--मुलाकात की
आंतरिक काउंटरों और मेट्रिक्स की हर रिपोर्ट करें सेक (1)

--नो-उनाल
असंरेखित पठन के लिए एसएएम रिकॉर्ड को दबाएं

--सिर नहीं
हेडर लाइनों को दबाएं, यानी @ से शुरू होने वाली लाइनें

--नहीं-वर्ग
@SQ हेडर लाइन्स को दबाएं

--आरजी-आईडी
रीड ग्रुप आईडी सेट करें, जो @RG लाइन और RG:Z: ऑप्ट फील्ड में परिलक्षित होता है

--आरजी
जोड़ें ("लैब: वैल्यू") से सैम हेडर की @RG लाइन। नोट: @RG लाइन केवल प्रिंटेड
कब --आरजी-आईडी सेट है।

--छोड़ें-सेक-सेक
द्वितीयक संरेखण के लिए SEQ और QUAL फ़ील्ड में '*' डालें।

प्रदर्शन:
-p/--धागे लॉन्च करने के लिए संरेखण धागे की संख्या (1)

-- पुनः क्रमित करें
एसएएम आउटपुट ऑर्डर को इनपुट रीडिंग के क्रम से मेल खाने के लिए मजबूर करें

- मिमी अनुक्रमणिका के लिए मेमोरी-मैप्ड I/O का उपयोग करें; कई 'धनुष साझा कर सकते हैं

अन्य:
--क्यूसी-फ़िल्टर
फ़िल्टर आउट पढ़ता है जो QSEQ फ़िल्टर के अनुसार खराब है

--बीज
यादृच्छिक संख्या जनरेटर के लिए बीज (0)

--गैर नियतात्मक बीज रैंड। जनरल पढ़ने की विशेषताओं का उपयोग करने के बजाय मनमाने ढंग से

--संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रिंट करें और छोड़ें

-h/--मदद
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