bp_revtrans-motifp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

bp_revtrans-motif - प्रोफैम-जैसे प्रोटीन मोटिफ का रिवर्स अनुवाद करें

VERSION

संस्करण 0.01

SYNOPSIS

एक फ़ाइल से:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

पाइप का उपयोग करना:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > आउटपुट.txt

कमांड प्रॉम्प्ट पर इंटरैक्टिव रूप से उपयोग करना:

$ bp_revtrans-motif.pl
माईल[विकपी]
1. एटीजीजीसीएनजीएनगारगैरीटीएनवीएचएन
[^पी]एच(आईडब्ल्यू){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

वर्णन

यह स्क्रिप्ट इनपुट के रूप में एक प्रोटीन मोटिफ लेती है और एक विकृत ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड लौटाती है
इसके अनुरूप क्रम. ऐसा करने का मुख्य कारण डिज़ाइन ख़राब करना है
प्राइमर जो किसी दिए गए अनुक्रम पैटर्न को बढ़ाते हैं।

इनपुट मोटिफ में निम्नलिखित में से किसी एक के साथ एक-अक्षर के अवशेषों की एक स्ट्रिंग होती है
वाक्यात्मक तत्व:

[...] : निरर्थक पद.
ऐसी स्थिति जिसमें एक से अधिक अवशेषों की अनुमति हो। उदाहरण:

[टीएस]वाईडब्ल्यू[आरकेएसडी]
^^ ^^^^

[^...] : नकारा स्थिति.
ऐसी स्थिति जिसमें किसी भी अवशेष की अनुमति होती है, कोष्ठक के बीच के लोगों के लिए सहेजा जाता है। उदाहरण:

[^पीडब्लू]एमके[एलएई]
^^

(...){एन,एम,...} : दोहराया गया मूल भाव।
एक रूपांकन जिसे दोहराया जाता है n or m बार. इसमें पिछले वाक्य-विन्यास में से कोई भी हो सकता है
तत्व. उदाहरण:

ए[एसएन]सी(टीएक्सएक्स){2,4,8}
^^^

अनुमत अक्षर वे हैं जो 20 प्राकृतिक अमीनो एसिड के अनुरूप हैं, साथ ही:

बी = एन + डी
जेड = क्यू + ई
एक्स = सभी

विकल्प

-i इनपुट फ़ाइल:
रिवर्स अनुवाद करने के लिए रूपांकनों की सूची वाली एक फ़ाइल।

-h
यह सहायता संदेश प्रदर्शित करें.

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