рдЕрдВрдЧреНрд░реЗрдЬрд╝реАрдлреНрд░реЗрдВрдЪрд╕реНрдкреЗрдирд┐рд╢

Ad


рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлрд╝реЗрд╡рд┐рдХреЙрди

bp_seqcutp - рдХреНрд▓рд╛рдЙрдб рдореЗрдВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди

рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдкрд░ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдореБрдлреНрдд рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ bp_seqcutp рдЪрд▓рд╛рдПрдВ

рдпрд╣ рдХрдорд╛рдВрдб bp_seqcutp рд╣реИ рдЬрд┐рд╕реЗ рд╣рдорд╛рд░реЗ рдХрдИ рдореБрдлреНрдд рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдЬреИрд╕реЗ рдХрд┐ рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлреНрд░реА рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред

рдХрд╛рд░реНрдпрдХреНрд░рдо:

рдирд╛рдо


bp_seqcut.pl

рдЙрдкрдпреЛрдЧ


bp_seqcut.pl [рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк -h,-s,-e,-f,-w] ...
bp_seqcut.pl [рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк -h,-f,-w] рд╕реЗ ...

-h рдпрд╣ рд╕рд╣рд╛рдпрддрд╛ рд╕рдВрджреЗрд╢
-рдХреМрди рд╕рд╛ рдЕрд╡рд╢реЗрд╖ рдХрд╛рдЯрдирд╛ рд╢реБрд░реВ рдХрд░рдирд╛ рд╣реИ
-рдИ рдХрд┐рд╕ рдЕрд╡рд╢реЗрд╖ рдХреЛ рдХрд╛рдЯрдирд╛ рд╣реИ
-рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХрд╛ рдкреНрд░рд╛рд░реВрдк, FASTA рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ рд╣реИ рд▓реЗрдХрд┐рди рдЖрдк BioPerl рд╕реЗ SeqIO рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рд╕рдорд░реНрдерд┐рдд рдХреБрдЫ рднреА рдирд┐рд░реНрджрд┐рд╖реНрдЯ рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ
-w рд╣рд╛рд░реНрдб рд░реИрдк рдЪреМрдбрд╝рд╛рдИ, рдпрд╣ рдЖрдкрдХреЗ рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд┐рдП рдЬрд╛ рд░рд╣реЗ рдкреНрд░рд╛рд░реВрдк рдХреЗ рдЖрдзрд╛рд░ рдкрд░ рд╕рдорд░реНрдерд┐рдд рдирд╣реАрдВ рд╣реЛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИ

Description


рдХрд┐рд╕реА рджреА рдЧрдИ рд╕реАрдорд╛ `fastacut -s 1 -e 10 *.fasta` рдпрд╛ рдХреЗ рд╕рд╛рде FASTA рдЕрдиреБрдХреНрд░рдореЛрдВ рдХреЛ рдХрд╛рдЯрдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдПрдХ рд╕реНрдХреНрд░рд┐рдкреНрдЯ
`рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛рдХрдЯ 1-10 *.рдлрд╛рд╕реНрдЯрд╛`ред рдпрд╣ Bio::SeqIO рдореЙрдбреНрдпреВрд▓ рдХреЗ рдЪрд╛рд░реЛрдВ рдУрд░ рдПрдХ рд╕реБрд╡рд┐рдзрд╛ рдЖрд╡рд░рдг рдорд╛рддреНрд░ рд╣реИред
рдпрджрд┐ рдЖрдк рдХрд┐рд╕реА рд╡рд┐рд╢рд┐рд╖реНрдЯ рдкреНрд░реЛрдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдХрд╛ рдирд┐рд░реНрдорд╛рдг рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рд╕рдВрд░реЗрдЦрдг рдХреЗ рдПрдХ рдЕрдиреБрднрд╛рдЧ рдХреЛ рдЯреНрд░рд┐рдо рдХрд░рдирд╛ рдЪрд╛рд╣рддреЗ рд╣реИрдВ рддреЛ рдЙрдкрдпреЛрдЧреА рд╣реИ
рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рдХрд╛ рдХреНрд╖реЗрддреНрд░.

onworks.net рд╕реЗрд╡рд╛рдУрдВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ bp_seqcutp рдХрд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ


рдлреНрд░реА рд╕рд░реНрд╡рд░ рдФрд░ рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди

рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдФрд░ рд▓рд╛рдЗрдиреЗрдХреНрд╕ рдПрдк рдбрд╛рдЙрдирд▓реЛрдб рдХрд░реЗрдВ

рд▓рд┐рдирдХреНрд╕ рдХрдорд╛рдВрдб

Ad