क्लीयरकट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

क्लीयरकट - आराम से पड़ोसी से जुड़ना

SYNOPSIS

स्पष्ट --में= --बाहर= [विकल्पों] ...

वर्णन

सामान्य विकल्प:
-h, --मदद
यह जानकारी प्रदर्शित करें।

-V, --संस्करण
इस प्रोग्राम का संस्करण प्रिंट करें.

-v, --शब्दशः
अधिक आउटपुट. (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-q, --शांत
मौन संचालन. (डिफ़ॉल्ट)

-s, --बीज=
पीआरएनजी बीज को स्पष्ट रूप से एक विशिष्ट मान पर सेट करें।

-r, --असामान्य
प्रयास निश्चित रूप से जुड़ता है। (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-S, --शफल
दूरी मैट्रिक्स को बेतरतीब ढंग से फेरबदल करें। (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-N, --पड़ोसी
पारंपरिक नेबर-जॉइनिंग एल्गोरिदम का उपयोग करें। (डिफ़ॉल्ट: बंद)

इनपुट विकल्प:
-I, --stdin
STDIN से इनपुट पढ़ें.

-d, --दूरी
इनपुट फ़ाइल एक दूरी मैट्रिक्स है. (डिफ़ॉल्ट)

-a, --संरेखण
इनपुट फ़ाइल संरेखित अनुक्रमों का एक सेट है। (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-D, --डीएनए
इनपुट संरेखण डीएनए अनुक्रम हैं।

-P, --प्रोटीन
इनपुट संरेखण प्रोटीन अनुक्रम हैं।

भूल सुधार आदर्श के लिए कम्प्यूटिंग दूरी मैट्रिक्स (चूक जाना: नहीं सुधार):
-j, --जुकेस
दूरी मैट्रिक्स की गणना के लिए ज्यूक्स-कैंटर सुधार का उपयोग करें।

-k, --किमुरा
दूरी मैट्रिक्स के लिए किमुरा सुधार का उपयोग करें।

आउटपुट विकल्प:
-O, --stdout
STDOUT पर आउटपुट ट्री।

-m, --मैट्रिक्सआउट=निर्दिष्ट फ़ाइल के लिए आउटपुट दूरी मैट्रिक्स।

-n, --ntrees=
आउटपुट एन पेड़. (डिफ़ॉल्ट: 1)

-e, --expblen
शाखा की लंबाई के लिए घातांकीय संकेतन. (डिफ़ॉल्ट: बंद)

-E, --expdist
दूरी आउटपुट में घातीय अंकन। (डिफ़ॉल्ट: बंद)

उदाहरण:
stdin के माध्यम से दूरी मैट्रिक्स की आपूर्ति करके पेड़ की गणना करें:

स्पष्ट --दूरी <दूरियां.txt >treefile.tre

एक फ़ाइल से डीएनए अनुक्रमों का संरेखण प्रदान करके पेड़ की गणना करें:

स्पष्ट --संरेखण --डीएनए --में=संरेखण.txt --बाहर=वृक्ष फ़ाइल.ट्रे

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