कोडोनव - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

कोडनव - कोडन उपयोग का पत्राचार विश्लेषण

वर्णन

कोडनडब्ल्यू [इनपुटफाइल] [आउटपुटफाइल] [बल्कआउटफाइल] [विकल्प] सामान्य विकल्प और डिफ़ॉल्ट:

-h(elp)
यह सहायता संदेश

-नोमेनू
मेनू इंटरफ़ेस को प्रदर्शित होने से रोकें

-अब चेतावनी दी
प्रदर्शित होने वाले अनुक्रमों के बारे में चेतावनियाँ रोकें

-संतान
फ़ाइलों को चुपचाप अधिलेखित करें

-कुल
इनपुटफ़ाइल में सभी जीनों को संयोजित करें

-मछीन
मशीन पठनीय आउटपुट

-इंसान मानव पठनीय आउटपुट

-कोड N
मेनू 3 विकल्प 5 के अंतर्गत परिभाषित आनुवंशिक कोड

-f_प्रकार N
मेनू 3 विकल्प 6 द्वारा परिभाषित एफओपी/सीबीआई कोडन

-c_प्रकार N
मेनू 3 विकल्प 7 द्वारा परिभाषित सीएई फिटनेस मान

-t (चार)
आउटपुट फ़ाइलों में उपयोग किया जाने वाला कॉलम विभाजक (अल्पविराम, टैब, स्थान)

कोडन उपयोग सूचकांक और अमीनो एसिड सूचकांक

-कै कोडन अनुकूलन सूचकांक (सीएआई) की गणना करें

-फ़ॉप ऑप्टिमल कोडन इंडेक्स (एफओपी) की आवृत्ति की गणना करें

-सीबीआई कोडन पूर्वाग्रह सूचकांक (सीबीआई) की गणना करें

-एन सी कोडन की प्रभावी संख्या (ईएनसी)

-जीसी जीन की G+C सामग्री (सभी 3 कोडन स्थिति)

-gcs3 पर्यायवाची कोडन की जीसी तीसरी स्थिति

-सिल_बेस
पर्यायवाची तीसरे कोडन पदों पर आधार संरचना

-L_sym पर्यायवाची कोडन की संख्या

-L_aa पर्यायवाची और गैर-पर्यायवाची कोडन की कुल संख्या

-सभी_सूचकांक
उपरोक्त सभी सूचकांक

-अरो प्रोटीन की सुगन्धितता की गणना करें

-हाइड्र प्रोटीन की हाइड्रोपेथिसिटी की गणना करें

-कै_फाइल
{फ़ाइल} सीएआई मूल्यों की उपयोगकर्ता इनपुट फ़ाइल

-cbi_file
{फ़ाइल}सीबीआई मूल्यों की उपयोगकर्ता इनपुट फ़ाइल

-fop_file
{फ़ाइल} Fop मानों की उपयोगकर्ता इनपुट फ़ाइल

पत्राचार विश्लेषण (सीओए) विकल्प

-coa_cu
कोडन उपयोग आवृत्तियों का सीओए

-coa_rscu
सापेक्ष पर्यायवाची कोडन उपयोग का सीओए

-कोआ_आ
अमीनो एसिड उपयोग आवृत्तियों का सीओए

-coa_विशेषज्ञ
सीओए पर विस्तृत (विशेषज्ञ) आँकड़े तैयार करें

-coa_axes N
रिकॉर्ड करने के लिए अक्ष की संख्या चुनें

-coa_num N
इष्टतम कोडन मूल्यों की पहचान करने के लिए उपयोग करने के लिए जीन की संख्या का चयन करें, संपूर्ण हो सकता है
संख्याएँ या प्रतिशत (5 या 10%)

थोक आउटपुट विकल्प | प्रति विश्लेषण केवल एक का चयन किया जा सकता है

-आउ अमीनो एसिड उपयोग (एएयू)

-रौ सापेक्ष अमीनो एसिड उपयोग (RAAU)

-घन मीटर कोडन उपयोग (सीयू) (डिफ़ॉल्ट)

-कटाब कोडन उपयोग का सारणीकरण

-कटोट डेटासेट के कोडन उपयोग का सारणीकरण

-आरएससीयू सापेक्ष पर्यायवाची कोडन उपयोग (आरएससीयू)

-फास्टा फास्टा प्रारूप

-साफ फास्टा प्रारूप

-पाठक
रीडर प्रारूप (कोडन को रिक्त स्थान से अलग किया जाता है)

-अनुवाद
डीएनए का अमीनो एसिड में वैचारिक अनुवाद

-बस कोडन जी+सी संरचना की विस्तृत रिपोर्ट

-दिनुक तीन कोडन पॉज़ का डायन्यूक्लियोटाइड उपयोग।

-नोब्लक फ़ाइल में कोई बल्क आउटपुट नहीं लिखा जाना चाहिए

जहां {फ़ाइल} एक इनपुट फ़ाइल नाम का प्रतिनिधित्व करता है, और एन एक पूर्णांक मान नियंत्रित निकास <> का प्रतिनिधित्व करता है

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