рдпрд╣ рд╕рд╣реА_рдПрдмрдВрдбреЗрдВрд╕ рдХрдорд╛рдВрдб рд╣реИ рдЬрд┐рд╕реЗ рд╣рдорд╛рд░реЗ рдХрдИ рдореБрдлреНрдд рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рд╡рд░реНрдХрд╕реНрдЯреЗрд╢рди рдЬреИрд╕реЗ рдХрд┐ рдЙрдмрдВрдЯреВ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рдлреЗрдбреЛрд░рд╛ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди, рд╡рд┐рдВрдбреЛрдЬ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдпрд╛ рдореИрдХ рдУрдПрд╕ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рдПрдореБрд▓реЗрдЯрд░ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд╡рд░реНрдХреНрд╕ рдлреНрд░реА рд╣реЛрд╕реНрдЯрд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рджрд╛рддрд╛ рдореЗрдВ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред
рдХрд╛рд░реНрдпрдХреНрд░рдо:
рдирд╛рдо
рд╕рд╣реА_рдкреНрд░рдЪреБрд░рддрд╛ - рдЬреАрдиреЛрдо рдкреНрд░рдЪреБрд░рддрд╛ рд╕рдорд╛рдирддрд╛ рд╕реБрдзрд╛рд░ рдЪрд░рдг рдЪрд▓рд╛рдПрдБ
SYNOPSIS
рд╕рд╣реА_рдмрд╣реБрддрд╛рдпрдд рдирд╛рдо
рд╡рд░реНрдгрди
рд╕рдорд╛рдирддрд╛ рд╕реБрдзрд╛рд░ рдЪрд░рдг рдЪрд▓рд╛рдПрдБ.
рдиреЛрдЯ: рд╣рд╛рд▓рд╛рдБрдХрд┐ рд░реАрдб рдореИрдкрд░реНрд╕ рдХреЛ рд╣рд╛рде рд╕реЗ рдЪрд▓рд╛рдирд╛ рдпрд╛ рд╕рдорд╛рдирддрд╛ рдмрдирд╛рдирд╛ рд╕рдВрднрд╡ рд╣реИ
рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдореИрдиреНрдпреБрдЕрд▓ рд░реВрдк рд╕реЗ, рд╣рдо рдкреНрд░рджрд╛рди рдХреА рдЧрдИ рдкрд╛рдпрдерди рд╕реНрдХреНрд░рд┐рдкреНрдЯ 'run_mappers.py' рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдиреЗ рдХреА рджреГрдврд╝рддрд╛ рд╕реЗ рдЕрдиреБрд╢рдВрд╕рд╛ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ
рдФрд░ 'create_similarity_matrix.py'ред
рд╡рд┐рдХрд▓реНрдк
рдирд╛рдо: рдирд╛рдо рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдХрд╛ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдирд╛рдо; рд╕рд╛рджреЗ рдкрд╛рда рдирд╛рдо рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдореЗрдВ рдкреНрд░рддрд┐ рдирд╛рдо рдПрдХ рд╣реЛрдирд╛ рдЪрд╛рд╣рд┐рдП
рдкрдВрдХреНрддрд┐ред рдирд╛рдо рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рд╕рдВрдкреВрд░реНрдг рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рдореЗрдВ рдкрд╣рдЪрд╛рдирдХрд░реНрддрд╛ рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред
-h, --рдорджрдж
рдпрд╣ рд╕рд╣рд╛рдпрддрд╛ рд╕рдВрджреЗрд╢ рджрд┐рдЦрд╛рдПрдВ рдФрд░ рдмрд╛рд╣рд░ рдирд┐рдХрд▓реЗрдВ
-m рдПрд╕рдПрдордПрдЯреА, --рд╕рдорд╛рдирддрд╛-рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕=Smat
рд╕рдорд╛рдирддрд╛ рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рдХрд╛ рдкрде. рд╕рдорд╛рдирддрд╛ рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдЙрд╕реА рдХреЗ рд╕рд╛рде рдмрдирд╛рдпрд╛ рдЬрд╛рдирд╛ рдЪрд╛рд╣рд┐рдП
рдирд╛рдо рдлрд╝рд╛рдЗрд▓. [рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: ./similarity_matrix.npy]
-s рд╕реИрдо, --samfiles=рд╕реИрдо
рдореИрдкрд░ рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рдмрдирд╛рдИ рдЧрдИ рдПрд╕рдПрдПрдо рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреА рдУрд░ рдЗрд╢рд╛рд░рд╛ рдХрд░рдиреЗ рд╡рд╛рд▓рд╛ рдкреИрдЯрд░реНрдиред рдирд╛рдо рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкреНрд▓реЗрд╕рд╣реЛрд▓реНрдбрд░
"%s" рд╣реИ. [рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: ./SAM/%s.sam]
-b рдЧрд╛рдбрд╝реА рдХреА рдбрд┐рдХреНрдХреА, --рдмреВрдЯрд╕реНрдЯреНрд░реИрдк-рдирдореВрдиреЗ=рдмреАрдУрдУрдЯреА
рдмреВрдЯрд╕реНрдЯреНрд░реИрдк рдирдореВрдиреЛрдВ рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рдирд┐рд░реНрдзрд╛рд░рд┐рдд рдХрд░реЗрдВ. рдмреВрдЯрд╕реНрдЯреНрд░реИрдкрд┐рдВрдЧ рдХреЛ рдЕрдХреНрд╖рдо рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП 1 рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ [рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: 100]
-o рдмрд╛рд╣рд░, --рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ=рдмрд╛рд╣рд░
рдкрд░рд┐рдгрд╛рдо рдпреБрдХреНрдд рд╕рд╛рджрд╛ рдкрд╛рда рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ред [рдбрд┐рдлрд╝реЙрд▓реНрдЯ: ./results.txt]
onworks.net рд╕реЗрд╡рд╛рдУрдВ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдСрдирд▓рд╛рдЗрди рд╕рд╣реА_рдПрдмрдВрдбреЗрдВрд╕ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░реЗрдВ