यह कमांड कवरेजकाउंट है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
कवरेजकाउंट - मैप किए गए कवरेज की गणना पूरे प्रत्येक स्थान पर पढ़ी जाती है
संदर्भ जीनोम
वर्णन
कवरेजगणना संस्करण 1.5.0-p1
यह प्रोग्राम प्रत्येक स्थान पर मैप किए गए रीड्स के कवरेज की गणना करता है
संदर्भ जीनोम। यह प्रत्येक गुणसूत्र के लिए एक बाइनरी फ़ाइल उत्पन्न करता है
कवरेज स्तर 4-बाइट पूर्णांक संख्या के रूप में।
प्रयोग
कवरेजगणना [विकल्प] -i -o
आवश्यक तर्क:
-i
एसएएम या बीएएम प्रारूप में इनपुट फ़ाइल का नाम।
-o
आउटपुट फ़ाइलों का उपसर्ग। प्रत्येक आउटपुट फ़ाइल में चार-बाइट पूर्णांक संख्याएँ होती हैं
वैकल्पिक तर्क:
--मैक्समोप एक सिगार स्ट्रिंग में अधिकतम 'एम' संचालन की अनुमति है।
डिफ़ॉल्ट रूप से 10. 'X' और '=' दोनों को 'M' माना जाता है और आसन्न 'M' संचालन हैं
सिगार स्ट्रिंग में विलय।
कवरेजगणना संस्करण 1.5.0-p1
यह प्रोग्राम प्रत्येक स्थान पर मैप किए गए रीड्स के कवरेज की गणना करता है
संदर्भ जीनोम। यह प्रत्येक गुणसूत्र के लिए एक बाइनरी फ़ाइल उत्पन्न करता है
कवरेज स्तर 4-बाइट पूर्णांक संख्या के रूप में।
प्रयोग
कवरेजगणना [विकल्प] -i -o
आवश्यक तर्क:
-i
एसएएम या बीएएम प्रारूप में इनपुट फ़ाइल का नाम।
-o
आउटपुट फ़ाइलों का उपसर्ग। प्रत्येक आउटपुट फ़ाइल में चार-बाइट पूर्णांक संख्याएँ होती हैं
वैकल्पिक तर्क:
--मैक्समोप एक सिगार स्ट्रिंग में अधिकतम 'एम' संचालन की अनुमति है।
डिफ़ॉल्ट रूप से 10. 'X' और '=' दोनों को 'M' माना जाता है और आसन्न 'M' संचालन हैं
सिगार स्ट्रिंग में विलय।
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