यह कमांड डॉग है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
डॉग - अंतराल के साथ डीएनए असेंबली, एक डीएनए अनुक्रम सिम्युलेटर
वर्णन
डॉग 1.2-रिलीज़ डीएनए असेंबली विद गैप्स कॉपीराइट © 2004-2009 रीड ए कार्टराईट
dawg -[स्कूबव्हक्यू?] [-ओ आउटपुटफाइल] फाइल 1 [फाइल 2 ...]
-s: फ़ाइलों को क्रमबद्ध रूप से संसाधित करें [डिफ़ॉल्ट]
-c: फ़ाइलों को एक साथ संयोजित करने की प्रक्रिया करें
-u: असंबद्ध आउटपुट
-b: बफ़र्ड आउटपुट [डिफ़ॉल्ट]
-q: त्रुटि और चेतावनी रिपोर्ट अक्षम करें (शांत)
-e: त्रुटि रिपोर्ट सक्षम करें [डिफ़ॉल्ट]
-w: चेतावनी रिपोर्ट सक्षम करें [डिफ़ॉल्ट]
-v: संस्करण जानकारी प्रदर्शित करें
-h: सहायता जानकारी प्रदर्शित करें
-?: के समान -h
-o आउटपुट फ़ाइल: कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल में आउटपुट फ़ाइल नाम को ओवरराइड करें
यदि फ़ाइल का नाम "-" है तो डॉग stdin पढ़ेगा।
फ़ाइल फ़ारमैट
फ़ाइल स्वरूप "नाम = मान" के रूप में कथनों की एक श्रृंखला लेता है
"नाम" अल्फ़ान्यूमेरिक है और मान एक स्ट्रिंग, संख्या, बूलियन, पेड़ या वेक्टर हो सकता है
मूल्यों का. एक एकल चर एकल प्रविष्टि के वेक्टर के बराबर है।
स्ट्रिंग: "[चार-अनुक्रम]"
'[चार-अनुक्रम]' """[बहु-पंक्ति चार-अनुक्रम]""" (आरएम प्रारंभिक और अंतिम नई पंक्तियाँ)
'''[मल्टी-लाइन चार-अनुक्रम]''' (केपी प्रारंभिक और अंतिम न्यूलाइन)
संख्या: [चिह्न]अंक[.अंक][(ई|ई)[चिह्न]अंक] बूलियन: सत्य|झूठा वृक्ष: न्यूविक
प्रारूप वेक्टर: {मूल्य, मूल्य, ...}
विकल्प
नाम प्रकार विवरण
---------------------------------
वृक्ष वीटी फाइलोजेनी
ट्रीस्केल
शाखा की लंबाई मापने के लिए एन गुणांक
अनुक्रम
वीएस रूट अनुक्रम
उत्पन्न रूट अनुक्रमों की लंबाई वीएन लंबाई
प्रत्येक रूट न्यूक्लियोटाइड के विकास की दर वीवीएन दर
विकास का मॉडल S मॉडल: GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN
आवृत्तियाँ VN न्यूक्लियोटाइड (ACGT) आवृत्तियाँ
विकास के मॉडल के लिए पैराम्स वीएन पैरामीटर
इंडेल्स और पुनर्संयोजन के लिए चौड़ाई एन ब्लॉक चौड़ाई
स्केल वीएन ब्लॉक स्थिति स्केल
दर विषमता के लिए विचरण के गामा वीएन गुणांक
अल्फा वीएन आकार पैरामीटर
अपरिवर्तनीय साइटों का Iota VN अनुपात
गैपमॉडल
इंडेल गठन के वीएस मॉडल: एनबी|पीएल|यूएस
इंडेल गठन की लैम्ब्डा वीएन दरें
GapParams
इंडेल मॉडल के लिए वीवीएन पैरामीटर
आउटपुट के लिए डेटा सेट की एन संख्या दोहराएँ
फ़ाइल एस आउटपुट फ़ाइल
प्रारूप एस आउटपुट स्वरूप: फास्टा|नेक्सस|फिलिप|क्लस्टल
गैपसिंगलचार
एकल वर्ण के रूप में बी आउटपुट अंतराल
गैपप्लस
बी संरेखण में सम्मिलन को विलोपन से अलग करता है
कीपफ्लैंक
एन अपरिवर्तनीय फ़्लैंकिंग क्षेत्र अनुक्रम से एन नक्स
खाली रखें
B अंतिम संरेखण में खाली कॉलम सुरक्षित रखें
छोटे
बी लोअरकेस में आउटपुट अनुक्रम
अनुवाद करना
बी आउटपुट अनुक्रमों का अमीनो एसिड में अनुवाद करता है
बीज वीएन छद्म-यादृच्छिक-संख्या-जनरेटर बीज (पूर्णांक)
आउट.ब्लॉक.हेड
आउटपुट की शुरुआत में डालने के लिए एस स्ट्रिंग
आउट.ब्लॉक.टेल
आउटपुट के अंत में डालने के लिए S स्ट्रिंग
आउट.ब्लॉक.एस से पहले
आउटपुट में अनुक्रम सेट से पहले सम्मिलित करने के लिए स्ट्रिंग
आउट.ब्लॉक.बाद
आउटपुट में अनुक्रम सेट के बाद सम्मिलित करने के लिए एस स्ट्रिंग
बाहर.पदार्थ
बी आउट.ब्लॉक में वेरिएबल सब्सिट्यूशन करें।*
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