diffseqe - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

diffseq - दो समान अनुक्रमों की विशेषताओं की तुलना करें और रिपोर्ट करें

SYNOPSIS

डिफसेक -एक क्रम अनुक्रम -अनुक्रम अनुक्रम -शब्दों का आकार पूर्णांक
[-वैश्विक अंतर बूलियन] -आउटफाइल रिपोर्ट -ऑउटफीट करतब -बाउटफीट करतब

डिफसेक -मदद

वर्णन

डिफसेक EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "संरेखण: अंतर" कमांड समूह (समूहों) का हिस्सा है।

विकल्प

निवेश अनुभाग
-एक क्रम अनुक्रम

-अनुक्रम अनुक्रम

अपेक्षित अनुभाग
-शब्दों का आकार पूर्णांक
दो अनुक्रमों के बीच समान क्षेत्रों को हैश तालिका बनाकर पाया जाता है
'शब्दों का आकार' बाद में। 10 एक उचित डिफ़ॉल्ट है। इस मान को बड़ा बनाना (20?)
कार्यक्रम को थोड़ा तेज कर सकता है, लेकिन इसका मतलब यह होगा कि भीतर कोई भी दो अंतर
एक दूसरे के 'शब्द आकार' को अंतर के एकल क्षेत्र के रूप में समूहीकृत किया जाएगा। यह मान
आस-पास के मतभेदों के समाधान में सुधार करने के लिए छोटा (4?) किया जा सकता है, लेकिन
कार्यक्रम बहुत धीमी गति से चलेगा। डिफ़ॉल्ट मान: 10

अतिरिक्त अनुभाग
-वैश्विक अंतर बूलियन
आम तौर पर इस कार्यक्रम में पहचान के क्षेत्र मिलेंगे जो कि लंबाई के हैं
निर्दिष्ट शब्द-आकार या अधिक और फिर बीच के अंतर के क्षेत्रों की रिपोर्ट करेगा
इन मिलान क्षेत्रों। यह अच्छी तरह से काम करता है और ज्यादातर लोग यही चाहते हैं यदि वे हैं
लंबे समय तक अतिव्यापी न्यूक्लिक एसिड अनुक्रमों के साथ काम करना। आप आमतौर पर रुचि नहीं रखते हैं
इन अनुक्रमों के गैर-अतिव्यापी सिरों में। यदि आपके पास प्रोटीन अनुक्रम या छोटा है
आरएनए अनुक्रम हालांकि, आप अंत में मतभेदों में रुचि लेंगे। यह
यह विकल्प सत्य पर सेट है तो अंत में अंतर भी सूचित किया जाएगा।
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

उत्पादन अनुभाग
-आउटफाइल रिपोर्ट

-ऑउटफीट करतब
पहले अनुक्रम की विशेषताओं के आउटपुट के लिए फ़ाइल डिफ़ॉल्ट मान: $(asequence.name).diffgff

-बाउटफीट करतब
दूसरे अनुक्रम की विशेषताओं के आउटपुट के लिए फ़ाइल डिफ़ॉल्ट मान: $(bअनुक्रम.नाम).diffgff

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