यह कमांड डोमेनएलाइन है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
डोमेनएलाइन - डीसीएफ फ़ाइल में नोड्स के लिए संरेखण (डीएएफ फ़ाइल) उत्पन्न करें।
SYNOPSIS
डोमेन संरेखण -dcfinfile फाइल में -पीडीबीडीआईआर डायरेक्टरी -नोड सूची मोड सूची -सिंगलेट्स रखना टॉगल
-दाफौटदिरि बाहर -singletoutdir बाहर -सुपरआउटडिर बाहर -बोटा दस्तावेज आउटफाइल
डोमेन संरेखण -मदद
वर्णन
डोमेन संरेखण EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "प्रोटीन: 3डी संरचना" कमांड समूह (समूहों) का हिस्सा है।
विकल्प
निवेश अनुभाग
-dcfinfile फाइल में
यह विकल्प DCF फ़ाइल (डोमेन वर्गीकरण फ़ाइल) (इनपुट) का नाम निर्दिष्ट करता है। ए
'डोमेन वर्गीकरण फ़ाइल' में डोमेन के लिए वर्गीकरण और अन्य डेटा शामिल है
एससीओपी या सीएटीएच, डीसीएफ प्रारूप (ईएमबीएल-जैसे) में। SCOPPARSE . का उपयोग करके फ़ाइलें उत्पन्न की जाती हैं
और कैथपर्स। डोमेन अनुक्रम जानकारी का उपयोग करके फ़ाइल में जोड़ा जा सकता है
डोमेनसेक.
-पीडीबीडीआईआर डायरेक्टरी
यह विकल्प डोमेन पीडीबी फ़ाइलों (इनपुट) का स्थान निर्दिष्ट करता है। एक 'डोमेन पीडीबी फ़ाइल'
इसमें PDB प्रारूप में SCOP या CATH से एकल डोमेन के लिए समन्वयित डेटा शामिल है।
फ़ाइलें DOMAINER का उपयोग करके बनाई जाती हैं। डिफ़ॉल्ट मान: ।/
अपेक्षित अनुभाग
-नोड सूची
यह विकल्प अतिरेक हटाने के लिए नोड निर्दिष्ट करता है। अतिरेक को हटाया जा सकता है
SCOP या CATH पदानुक्रम में कोई निर्दिष्ट नोड। उदाहरण के लिए 'क्लास' का चयन करके
एक ही वर्ग से संबंधित प्रविष्टियाँ गैर-अनावश्यक होंगी। डिफ़ॉल्ट मान: 1
मोड सूची
यह विकल्प उपयोग के लिए संरेखण एल्गोरिदम निर्दिष्ट करता है। डिफ़ॉल्ट मान: 1
-सिंगलेट्स रखना टॉगल
यह विकल्प निर्दिष्ट करता है कि फाइल करने के लिए एकल परिवारों का क्रम लिखना है या नहीं। अगर आप
इस विकल्प को निर्दिष्ट करें, प्रत्येक एकल परिवार के लिए अनुक्रम फ़ाइल में लिखा गया है
(आउटपुट). डिफ़ॉल्ट मान: Y
उत्पादन अनुभाग
-दाफौटदिरि बाहर
यह विकल्प DAF फ़ाइलों (डोमेन संरेखण फ़ाइलें) (आउटपुट) के स्थान को निर्दिष्ट करता है। ए
'डोमेन संरेखण फ़ाइल' में उसी से संबंधित डोमेन का अनुक्रम संरेखण होता है
SCOP या CATH परिवार. फ़ाइलें क्लस्टल प्रारूप में हैं और डोमेन के साथ एनोटेट की गई हैं
परिवार वर्गीकरण की जानकारी। SCOPALIGN का उपयोग करके उत्पन्न फाइलों में शामिल होंगे
केवल ज्ञात संरचना के डोमेन का संरचना-आधारित अनुक्रम संरेखण। ऐसा
संरेखण का उपयोग करके अनुक्रम रिश्तेदारों (अज्ञात संरचना के) के साथ बढ़ाया जा सकता है
SEQALIGN. डिफ़ॉल्ट मान: ।/
-singletoutdir बाहर
यह विकल्प सिंगलेट के लिए डीएचएफ फ़ाइलों (डोमेन हिट फ़ाइलों) का स्थान निर्दिष्ट करता है
अनुक्रम (आउटपुट)। एकल को 'डोमेन हिट फ़ाइल' के रूप में लिखा जाता है - जो
FASTA में डोमेन वर्गीकरण जानकारी के साथ डेटाबेस हिट (अनुक्रम) शामिल हैं
प्रारूप। डिफ़ॉल्ट मान: ।/
-सुपरआउटडिर बाहर
यह विकल्प संरचनात्मक सुपरइम्पोज़िशन फ़ाइलों (आउटपुट) का स्थान निर्दिष्ट करता है। ए
प्रत्येक परिवार के लिए संरचनात्मक सुपरइम्पोज़िशन की पीडीबी प्रारूप में फ़ाइल तैयार की जाती है
STAMP एल्गोरिथ्म का उपयोग किया जाता है। डिफ़ॉल्ट मान: ।/
-बोटा दस्तावेज आउटफाइल
यह विकल्प लॉग फ़ाइल (आउटपुट) का नाम निर्दिष्ट करता है। लॉग फ़ाइल में संदेश हैं
डोमेनअलाइन चलाने के दौरान उत्पन्न होने वाली किसी भी त्रुटि के बारे में। डिफ़ॉल्ट मान: डोमेनअलाइन.लॉग
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन डोमेनलाइन का उपयोग करें
