ईकोपीसीआर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ईकोपीसीआर - दिए गए प्राइमरों के साथ अनुक्रम और वर्गीकरण संकरण की खोज

SYNOPSIS

ईकोपीसीआर [विकल्प] <न्यूक्लियोटिडिक पैटर्न>

वर्णन

ईकोपीसीआर एलईसीए और हेलिक्स-प्रोजेक्ट द्वारा विकसित एक इलेक्ट्रॉनिक पीसीआर सॉफ्टवेयर है। यह मदद करता है
बारकोड प्राइमरों की गुणवत्ता का अनुमान लगाएं।

विकल्प

-a : टीएम गणना के लिए एम में नमक एकाग्रता (डिफ़ॉल्ट 0.05 एम)

-c : विचार करें कि डेटाबेस अनुक्रम हैं [c]ircular

-d : [डी] डेटाबेस: अपेक्षित प्रारूप से मेल खाने के लिए, डेटाबेस
द्वारा पहले बनाया जाना है ईकोपीसीआरफ़ॉर्मेट(1) कार्यक्रम। ईकोपीसीआरफ़ॉर्मेट(1) बनाता है
तीन फ़ाइल प्रकार:

.sdx : अनुक्रम शामिल हैं

.tdx : टैक्सोनॉमी से संबंधित जानकारी शामिल है

.rdx : इसमें टैक्सोनॉमी रैंक शामिल है

EcoPCR को सभी प्रकार की फ़ाइल की आवश्यकता होती है। नतीजतन, आपको डेटाबेस रेडिकल लिखना होगा
बिना किसी विस्तार के। उदाहरण के लिए /ईकोपीसीआरडीबी/जीबीएमएएम

-D : सिलिको में प्रत्येक तरफ न्यूक्लियोटाइड की निर्दिष्ट संख्या रखता है
प्रवर्धित अनुक्रम (प्रवर्धित डीएनए टुकड़ा और दो लक्ष्य सहित)
प्राइमरों के अनुक्रम)।

-e : [ई] त्रुटि: ओलिगोन्यूक्लियोटाइड द्वारा अनुमत अधिकतम त्रुटियां (डिफ़ॉल्ट रूप से 0)

-h : [एच] एल्प - प्रिंट मदद

-i : [I] दिए गए टैक्सोनॉमी आईडी पर ध्यान न दें।
इकोफाइंड प्रोग्राम का उपयोग करके टैक्सोनॉमी आईडी उपलब्ध है। ईकोफाइंड टाइप करने में इसकी मदद देखें
-h देखें।

-k : [के] साम्राज्य मोड: साम्राज्य मोड सेट करें
सुपर किंगडम मोड डिफ़ॉल्ट रूप से।

-l : न्यूनतम [एल] लंबाई: न्यूनतम आयाम लंबाई परिभाषित करें।

-L : अधिकतम [एल] लंबाई: अधिकतम आयाम लंबाई परिभाषित करें।

-m : टीएम गणना के लिए नमक सुधार विधि (SANTALUCIA : 1
या OWCZARZY:2, डिफ़ॉल्ट = 1)

-r : [R] खोज को दिए गए टैक्सोनॉमिक आईडी तक सीमित कर देता है।
इकोफाइंड प्रोग्राम का उपयोग करके टैक्सोनॉमी आईडी उपलब्ध है। ईकोफाइंड टाइप करने में इसकी मदद देखें
-h देखें।

पहला तर्क: प्रत्यक्ष स्ट्रैंड के लिए ओलिगोन्यूक्लियोटाइड

दूसरा तर्क: रिवर्स स्ट्रैंड के लिए ओलिगोन्यूक्लियोटाइड

तालिका परिणाम विवरण:

कॉलम 1: परिग्रहण संख्या

कॉलम 2: अनुक्रम लंबाई

कॉलम 3: टैक्सोनॉमिक आईडी

कॉलम 4: रैंक

कॉलम 5: प्रजाति वर्गीकरण आईडी

कॉलम 6 : वैज्ञानिक नाम

कॉलम 7 : जीनस टैक्सोनोमिक आईडी

कॉलम 8: जीनस नाम

कॉलम 9 : परिवार वर्गीकरण आईडी

कॉलम 10 : परिवार का नाम

कॉलम 11: सुपर किंगडम टैक्सोनॉमिक आईडी

कॉलम 12: सुपर किंगडम का नाम

कॉलम 13: स्ट्रैंड (प्रत्यक्ष या उल्टा)

कॉलम 14: पहला ओलिगोन्यूक्लियोटाइड

कॉलम 15 : पहले स्ट्रैंड के लिए त्रुटियों की संख्या

कॉलम 16: इस साइट पर प्राइमर 1 के संकरण के लिए टीएम

कॉलम 17: दूसरा ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड

कॉलम 18 : दूसरे स्ट्रैंड के लिए त्रुटियों की संख्या

कॉलम 19: इस साइट पर प्राइमर 1 के संकरण के लिए टीएम

स्तंभ 20 : प्रवर्धन लंबाई

कॉलम 21: अनुक्रम

कॉलम 22: परिभाषा

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