efetch - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

efetch - अनुक्रम डेटाबेस से प्रविष्टियाँ पुनर्प्राप्त करें।

SYNOPSIS

efetch -सुधार [डेटाबेस:]

वर्णन

90 के दशक के उत्तरार्ध में प्रविष्टियों को अत्यंत शीघ्रता से पुनः प्राप्त करने के लिए efetch एक बहुत लोकप्रिय उपकरण था
सबसे आम सार्वजनिक जैव सूचना विज्ञान अनुक्रम और रूपांकन डेटाबेस।

डेटाबेस

स्विसप्रोट/एसपी, पीआईआर, वॉर्मपेप/डब्ल्यूपी, ईएमबीएल, जेनबैंक/जीबी, प्रोडॉम, प्रोसाइट

विकल्प:

-a परिग्रहण संख्या के साथ खोजें

-f फास्टा प्रारूप आउटपुट

-q केवल अनुक्रम आउटपुट (एक पंक्ति)

-s <#> स्थिति # से प्रारंभ करें

-e <#> स्थिति # पर रुकें

-o अधिक विकल्प और जानकारी...

-D डेटाबेस निर्देशिका निर्दिष्ट करें

-H इंडेक्स हेडर डेटा प्रदर्शित करें

-p खोज पथ में प्रविष्टि नाम प्रदर्शित करें

-r अनुक्रम को 'कच्चे' प्रारूप में प्रिंट करें

-m मिश्रित मिनी डेटाबेस से प्राप्त करें

-M मिनी प्रारूप आउटपुट

-b बाइट्स के क्रम को उल्टा न करें (SunOS, IRIX उल्टा करें, अल्फा नहीं)

-d डेटाबेस फ़ाइल निर्दिष्ट करें (इससे बचें)

-i अनुक्रमणिका फ़ाइल निर्दिष्ट करें (इससे बचें)

-l प्रभाग लुकअप तालिका निर्दिष्ट करें (इससे बचें)

-B डेटाबेस निर्दिष्ट करें (पुरातन)

-A परिग्रहण संख्या के लिए केवल प्रविष्टिनाम लौटाएँ

-n अनुक्रम को यह नाम दें

-x प्रविष्टि के नाम से सटीक मिलान करने के लिए क्वेरी की आवश्यकता नहीं है (बचें)

-w वॉर्मपेप के लिए: क्रॉस-रेफ़रेंस्ड स्विसप्रोट प्रविष्टि भी प्राप्त करें

-h यह सहायता पाठ दिखाता है

वातावरण

SWDIR = स्विसप्रोट निर्देशिका - डेटाबेस और EMBL इंडेक्स फ़ाइलें PIRDIR = PIR
-- " -- वर्मदिर = वर्मपेप -- " -- एंब्लडीआईआर = EMBL -- " -- जीबीडीआईआर =
GenBank -- " -- प्रोडोमडिर = प्रोडोम -- " -- PROSITEDIR = प्रोसाइट -- " -- डीबीडीआईआर
= उपयोगकर्ता का अपना -- " -- (फास्टा प्रारूप)

SEQDB डेटाबेस फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट स्विसप्रोट)

SEQDBIDX इंडेक्स फ़ाइल DIVTABL डिवीजन लुकअप टेबल

पूर्व। setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/

ध्यान दें कि प्रॉडम परिवार सर्वसम्मति अनुक्रम पीडी द्वारा प्राप्त किया जा सकता है:_#

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन efetch का उपयोग करें