यह कमांड फॉर्मेटडीबी है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
formatdb - BLAST . के लिए प्रारूप प्रोटीन या न्यूक्लियोटाइड डेटाबेस
SYNOPSIS
प्रारूपडीबी [-] [-B फ़ाइल का नाम] [-F फ़ाइल का नाम] [-L फ़ाइल का नाम] [-T फ़ाइल का नाम] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i फ़ाइल का नाम] [-l फ़ाइल का नाम] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]
वर्णन
प्रारूपडीबी पहले प्रोटीन या न्यूक्लियोटाइड स्रोत डेटाबेस को प्रारूपित करने के लिए उपयोग किया जाना चाहिए
इन डेटाबेस को ब्लास्टल, ब्लास्टपीजीपी या मेगाब्लास्ट द्वारा खोजा जा सकता है। स्रोत डेटाबेस
FASTA या ASN.1 प्रारूप में हो सकता है। हालांकि FASTA प्रारूप का सबसे अधिक बार उपयोग किया जाता है
करने के लिए इनपुट प्रारूपडीबी, ASN.1 का उपयोग उन लोगों के लिए फायदेमंद है जो ASN.1 का उपयोग कर रहे हैं
जेनबैंक रिपोर्ट जैसे अन्य प्रारूपों के लिए सामान्य स्रोत। एक बार स्रोत डेटाबेस फ़ाइल
द्वारा स्वरूपित किया गया है प्रारूपडीबी ब्लास्ट द्वारा इसकी आवश्यकता नहीं है। कृपया ध्यान दें कि यदि आप
का उपयोग करके अपने BLAST डेटाबेस में समय-समय पर अपडेट लागू करने जा रहा है विलय(1), आपको करने की आवश्यकता होगी
स्रोत डेटाबेस फ़ाइल रखें।
विकल्प
विकल्पों का सारांश नीचे दिया गया है।
- प्रिंट उपयोग संदेश
-B फ़ाइल का नाम
द्वारा निर्दिष्ट Gifile से निर्मित बाइनरी गिफाइल -F. यह विकल्प निर्दिष्ट करता है
बाइनरी जीआई सूची फ़ाइल का नाम। इस विकल्प का उपयोग के साथ किया जाना चाहिए -F विकल्प। ए
पाठ जीआई सूची के साथ निर्दिष्ट किया जा सकता है -F विकल्प और -B विकल्प पैदा करेगा
बाइनरी प्रारूप में वह जीआई सूची। बाइनरी फ़ाइल छोटी है और BLAST की आवश्यकता नहीं है
इसे कन्वर्ट करने के लिए, ताकि इसे तेजी से पढ़ा जा सके।
-F फ़ाइल का नाम
के साथ प्रयोग के लिए जिफाइल (जीआई की सूची वाली फाइल) -B or -L
-L फ़ाइल का नाम
नाम की एक उपनाम फ़ाइल बनाएँ फ़ाइल का नाम, उन तक खोजे गए अनुक्रमों को सीमित करना
इसके द्वारा निर्दिष्ट -F.
-T फ़ाइल का नाम
तालिका के अनुसार ASN.1 में टैक्सोनॉमी आईडी सेट करें फ़ाइल का नाम.
-V वर्बोज़: डेटाबेस में गैर-अद्वितीय स्ट्रिंग आईडी की जाँच करें
-a इनपुट फ़ाइल ASN.1 प्रारूप में डेटाबेस है (अन्यथा FASTA अपेक्षित है)
-b ASN.1 डेटाबेस बाइनरी है (ASCII टेक्स्ट के विपरीत)
-e इनपुट एक Seq-प्रविष्टि है। एक स्रोत ASN.1 डेटाबेस (या तो पाठ ascii या बाइनरी) हो सकता है
एक बायोसेक-सेट या सिर्फ एक बायोसेक शामिल करें। बाद के मामले में -e प्रदान की जानी चाहिए।
-i फ़ाइल का नाम
स्वरूपण के लिए इनपुट फ़ाइल
-l फ़ाइल का नाम
लॉग फ़ाइल का नाम (डिफ़ॉल्ट = प्रारूपडीबी.लॉग)
-n str BLAST फ़ाइलों के लिए आधार नाम (मूल FASTA फ़ाइल के नाम पर डिफ़ॉल्ट)
-o SeqID को पार्स करें और इंडेक्स बनाएं। यदि स्रोत डेटाबेस FASTA प्रारूप में है, तो
FASTA परिभाषा लाइन में डेटाबेस पहचानकर्ताओं को सम्मेलनों का पालन करना चाहिए
FASTA परिभाषित प्रारूप।
-p F इनपुट एक न्यूक्लियोटाइड है, प्रोटीन नहीं।
-s अनुक्रमणिका केवल परिग्रहण द्वारा, ठिकाने द्वारा नहीं। यह अनुक्रम सेट के लिए विशेष रूप से उपयोगी है
ईएसटी की तरह जहां परिग्रहण और स्थान के नाम समान हैं। फॉर्मेटडीबी रन
यदि इस विकल्प का उपयोग किया जाता है तो तेज़ और छोटी अस्थायी फ़ाइलें उत्पन्न करता है। यह जोरदार है
ईएसटी, एसटीएस, जीएसएस और एचटीजीएस के लिए अनुशंसित।
-t str डेटाबेस फ़ाइल के लिए शीर्षक [स्ट्रिंग]
-v N बड़ी FASTA फ़ाइलों को आकार के `वॉल्यूम` में विभाजित करें N लाख अक्षर (4000 by
चूक जाना)। एक मात्रा के निर्माण के भाग के रूप में, प्रारूपडीबी एक नए प्रकार का BLAST लिखता है
डेटाबेस फ़ाइल, जिसे एलियास फ़ाइल कहा जाता है, एक्सटेंशन 'नाल' या 'पाल' के साथ।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन फॉर्मेटडीबी का उपयोग करें
