लोमड़ी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

फॉक्स - विवर्तन डेटा से एब-इनिशियो संरचना निर्धारण

SYNOPSIS

लोमड़ी [विकल्पों] [फ़ाइल.एक्सएमएल]

वर्णन

RSI लोमड़ी (फ्री ऑब्जेक्ट्स फॉर क्रिस्टलोग्राफी) प्रोग्राम एब इनिटियो क्रिस्टल के लिए बनाया गया था
विवर्तन डेटा से संरचना समाधान। एब इनिटियो के लिए इसकी सबसे दिलचस्प विशेषताएं
संरचना निर्धारण हैं:

* क्रिस्टल सामग्री का बहुमुखी विवरण;

* पॉलीहेड्रा के बीच विशेष स्थिति और साझा परमाणुओं के लिए स्वचालित सुधार;

* एक साथ कई पाउडर पैटर्न का उपयोग करने की क्षमता;

* स्मार्ट वैश्विक अनुकूलन एल्गोरिदम;

* 3डी क्रिस्टल संरचना दृश्य और लाइव अपडेट के साथ एक ग्राफिकल इंटरफ़ेस
अनुकूलन प्रक्रिया.

विकल्प

इस प्रोग्राम को कमांड लाइन विकल्प या इनपुट फ़ाइल (फ़ाइल.xml) के साथ या उसके बिना निष्पादित किया जा सकता है।
यह सामान्य GNU कमांड लाइन सिंटैक्स का अनुसरण करता है, जिसमें दो डैश से शुरू होने वाले लंबे विकल्प होते हैं
(`-'). विकल्पों का सारांश नीचे शामिल है। संपूर्ण विवरण के लिए लोमड़ी देखें
विकि http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--मदद विकल्पों का सारांश दिखाएं।

--loadfouriergrd मानचित्र.जीआरडी
(प्रथम) क्रिस्टल संरचना के साथ 'map.grd' फूरियर मानचित्र लोड करें और प्रदर्शित करें

--loadfourierdsn6 मानचित्र.DN6
(प्रथम) क्रिस्टल संरचना के साथ DSN6 फूरियर मानचित्र लोड करें और प्रदर्शित करें

--नोगुइ
जीयूआई के बिना चलाएं, स्वचालित रूप से अनुकूलन लॉन्च होता है - नोगुई के साथ हो सकता है
निम्नलिखित विकल्प:

-n 10000
अधिकतम 10000 परीक्षणों तक दौड़ें (डिफ़ॉल्ट: 1000000)

--एनब्रून 5
5 रन करें, प्रत्येक रन से पहले यादृच्छिक करें (डिफ़ॉल्ट: 1), अनिश्चित काल तक चलाने के लिए -1 का उपयोग करें

-o आउट.xml
'out.xml' में आउटपुट

--यादृच्छिक करें
प्रारंभिक कॉन्फ़िगरेशन को यादृच्छिक बनाएं

--चुप
(लगभग) कोई टेक्स्ट आउटपुट उत्पन्न न करें

--अंतिम लागत 0.15
लागत <0.15 तक अनुकूलन चलाएँ

--cif2पैटर्न 1.5406 170 5000 .1
इनपुट क्रिस्टल के लिए पैटर्न अनुकरण करें, तरंग दैर्ध्य = 1.5406 170 अंकों के साथ 500° तक
और शिखर की चौड़ाई 0.1° है

उदाहरण

लोमड़ी सिलिकॉन.xml
फ़ाइल 'सिलिकॉन.xml' लोड करें और GUI लॉन्च करें।

लोमड़ी सिमेटिडाइन-पाउडर.एक्सएमएल --नोगुइ --यादृच्छिक करें -n 1000000 -o best.xml
फ़ाइल 'ktartrate.xml' लोड करें, यादृच्छिक बनाएं, फिर 1 मिलियन परीक्षणों का 1 अनुकूलन करें,
और सर्वोत्तम संरचना को 'best.xml' में सहेजें।

लोमड़ी सिमेटिडाइन-पाउडर.एक्सएमएल --नोगुइ --यादृच्छिक करें -n 10000000 --एनब्रून 10 -o best.xml
फ़ाइल 'Cimetidine-powder.xml' लोड करें, फिर 10 रन बनाएं (यादृच्छिक से शुरू करके)
10 मिलियन परीक्षणों की संरचना (प्रत्येक रन एक xml फ़ाइल सहेजता है), और सर्वोत्तम सहेजें
'best.xml' में संरचना।

लोमड़ी सिमेटिडाइन-पाउडर.एक्सएमएल --नोगुइ --चुप --यादृच्छिक करें -n 10000000 --एनब्रून 10 --अंतिम लागत
200000 -o best.xml
फ़ाइल 'Cimetidine-powder.xml' लोड करें, फिर 10 मिलियन परीक्षणों के 10 साइलेंट रन बनाएं
(प्रत्येक रन एक xml फ़ाइल सहेजता है), और सर्वोत्तम संरचना को 'best.xml' में सहेजें। प्रत्येक के लिए
चलाएँ, यदि लागत 200000 से कम हो जाती है तो अनुकूलन रुक जाता है।

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