फ़ज़ट्रेन - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

fuzztran - प्रोटीन अनुक्रमों में पैटर्न खोजें (अनुवादित)

SYNOPSIS

फ़ज़ट्रान -अनुक्रम Seqall -पटना पैटर्न [फ्रेम सूची] [-table सूची] -आउटफाइल रिपोर्ट

फ़ज़ट्रान -मदद

वर्णन

फ़ज़ट्रान EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "न्यूक्लियिक: मोटिफ्स, प्रोटीन: मोटिफ्स" कमांड ग्रुप (समूहों) का हिस्सा है।

विकल्प

निवेश अनुभाग
-अनुक्रम Seqall

-पटना पैटर्न
अमीनो एसिड के लिए मानक IUPAC एक-अक्षर कोड का उपयोग किया जाता है। प्रतीक 'x' है
ऐसी स्थिति के लिए उपयोग किया जाता है जहां कोई भी एमिनो एसिड स्वीकार किया जाता है। अस्पष्टता का संकेत द्वारा दिया गया है
वर्ग कोष्ठकों के बीच किसी दिए गए स्थान के लिए स्वीकार्य अमीनो एसिड की सूची बनाना '[
]'। उदाहरण के लिए: [ALT] का अर्थ अला या ल्यू या थ्र है। अस्पष्टताएं भी द्वारा इंगित की जाती हैं
घुंघराले कोष्ठक '{ }' की एक जोड़ी के बीच सूचीबद्ध अमीनो एसिड जिन्हें स्वीकार नहीं किया जाता है
एक ग्वेन स्थिति में। उदाहरण के लिए: {AM} अला और मेट को छोड़कर किसी भी अमीनो एसिड के लिए है।
पैटर्न में प्रत्येक तत्व अपने पड़ोसी से '-' द्वारा अलग किया जाता है। (वैकल्पिक में
fuzztran) पैटर्न के एक तत्व की पुनरावृत्ति को निम्नलिखित द्वारा इंगित किया जा सकता है:
कोष्ठक के बीच संख्यात्मक मान या संख्यात्मक श्रेणी वाला तत्व। उदाहरण:
x(3) xxx से मेल खाती है, x(2,4) xx या xxx या xxxx से मेल खाती है। जब एक
पैटर्न किसी अनुक्रम के एन- या सी-टर्मिनल तक सीमित है, वह पैटर्न
या तो '<' प्रतीक से शुरू होता है या क्रमशः '>' प्रतीक के साथ समाप्त होता है। एक अवधि समाप्त होती है
नमूना। (फजट्रान में वैकल्पिक)। उदाहरण के लिए, [DE](2)HS{P}X(2)पीएक्स(2,4)सी

अतिरिक्त अनुभाग
फ्रेम सूची
डिफ़ॉल्ट मान: 1

-table सूची

उत्पादन अनुभाग
-आउटफाइल रिपोर्ट

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