जीनोम-म्यूजिक-गैलेक्सीप - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीनोम म्यूज़िक गैलेक्सी - MuSiC टूल का पूरा सूट क्रमिक रूप से चलाएँ।

VERSION

यह दस्तावेज़ जीनोम संगीत गैलेक्सी संस्करण 0.04 (2016-01-01 23:10:18) का वर्णन करता है

SYNOPSIS

जीनोम संगीत आकाशगंगा [--आउटपुट-dir=?] --bam-list=? --आउटपुट-बंडल=? --roi-फ़ाइल=?
--संदर्भ-अनुक्रम=? --maf-फ़ाइल=? --पाथवे-फ़ाइल=? [--संख्यात्मक-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल=?]
[--श्रेणीबद्ध-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल=?] [--उत्परिवर्तन-मैट्रिक्स-फ़ाइल=?] [--क्रमपरिवर्तन=?]
[--सामान्य-न्यूनतम-गहराई=?] [--ट्यूमर-न्यूनतम-गहराई=?] [--न्यूनतम-मैपक्यू=?] [-शो-स्किप किया गया]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--संख्यात्मक-डेटा-परीक्षण-विधि=?] [--स्किप-लो-एमआर-जीन] [--मैक्स-एफडीआर=?]
[--जेनेटिक-डेटा-प्रकार=?] [--वू-एनोटेशन-हेडर] [--बीएमआर-समूह=?]
[--अलग-अलग-छंटनी] [--विलय-समवर्ती-म्यूट] [-स्किप-नॉन-कोडिंग] [-स्किप-साइलेंट]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-रेंज=?] [--रेफरेंस-बिल्ड=?] [--शो-ज्ञात-हिट] [--glm-क्लिनिकल-डेटा-फ़ाइल=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--नैदानिक-सहसंबंध-मैट्रिक्स-फ़ाइल=?]

यह टूल व्यक्तिगत टूल को चलाने के लिए आवश्यक सभी जानकारी को पैरामीटर के रूप में लेता है। एक
उदाहरण उपयोग है:

... संगीत बजाना \
--bam-सूची इनपुट/bams_to_analyze.txt \
--न्यूमेरिक-क्लिनिकल-डेटा-फाइल इनपुट/न्यूमेरिक_क्लिनिकल_डेटा.सीएसवी \
--maf-फ़ाइल इनपुट/myMAF.tsv \
--आउटपुट-डीआईआर प्ले_आउटपुट_डीआईआर \
--पाथवे-फ़ाइल इनपुट/पाथवे_डीबी \
--संदर्भ-अनुक्रम इनपुट/refseq/all_sequences.fa \
--roi-फ़ाइल इनपुट/all_coding_regions.bed \
--जेनेटिक-डेटा-प्रकार जीन

आवश्यक बहस

बेम-सूची टेक्स्ट
BAM फ़ाइलों की टैब सीमांकित सूची [नमूना_नाम सामान्य_bam ट्यूमर_bam]

आउटपुट-बंडल टेक्स्ट
वह स्थान जहां गैलेक्सी संगीत आउटपुट के बंडल को सहेजना चाहेगा

roi-फ़ाइल टेक्स्ट
आरओआई की टैब सीमांकित सूची [सीएचआर स्टार्ट स्टॉप जीन_नाम]

संदर्भ-अनुक्रम टेक्स्ट
FASTA प्रारूप में संदर्भ अनुक्रम का पथ

माफ़-फ़ाइल टेक्स्ट
टीसीजीए एमएएफ विनिर्देशों v2.3 का उपयोग करके उत्परिवर्तन की सूची

पाथवे-फ़ाइल टेक्स्ट
पाथवे जानकारी की टैब-सीमांकित फ़ाइल

वैकल्पिक बहस

आउटपुट-डीआईआर
वह निर्देशिका जहाँ आउटपुट फ़ाइलें और उपनिर्देशिकाएँ लिखी जाएँगी

डिफ़ॉल्ट मान '' यदि निर्दिष्ट नहीं है

संख्यात्मक-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल टेक्स्ट
नमूनों की तालिका (y) बनाम संख्यात्मक नैदानिक ​​डेटा श्रेणी (x)

श्रेणीबद्ध-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल टेक्स्ट
नमूनों की तालिका (y) बनाम श्रेणीबद्ध नैदानिक ​​डेटा श्रेणी (x)

उत्परिवर्तन-मैट्रिक्स-फ़ाइल टेक्स्ट
गणना के दौरान उपयोग किए जाने वाले नमूना-बनाम-जीन मैट्रिक्स को वैकल्पिक रूप से संग्रहीत करें।

क्रमपरिवर्तन नंबर
P-मान निर्धारित करने के लिए प्रयुक्त क्रमपरिवर्तनों की संख्या

सामान्य-मिनट-गहराई पूर्णांक
सामान्य बीएएम आधार को कवर के रूप में मानने के लिए न्यूनतम पढ़ने की गहराई

ट्यूमर-न्यूनतम-गहराई पूर्णांक
ट्यूमर बीएएम बेस को कवर के रूप में मानने के लिए न्यूनतम पढ़ने की गहराई

min-mapq पूर्णांक
पढ़ने की गहराई की गणना पर विचार करने के लिए पढ़ने की न्यूनतम मानचित्रण गुणवत्ता

दिखावा छोड़ दिया गया बूलियन
प्रत्येक छोड़े गए उत्परिवर्तन की रिपोर्ट करें, न कि केवल कितने की

डिफ़ॉल्ट मान 'गलत' (--नोशो-स्किप्ड) यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोशो-स्किप्ड बूलियन
शो-स्किप्ड को 'झूठा' बनाएं

जीन-को-अनदेखा करना टेक्स्ट
पृष्ठभूमि उत्परिवर्तन दरों को अनदेखा करने के लिए जीनों की अल्पविराम-सीमांकित सूची

बीएमआर नंबर
लक्षित क्षेत्रों में पृष्ठभूमि उत्परिवर्तन दर

अधिकतम-निकटता टेक्स्ट
2 उत्परिवर्तनों के बीच अधिकतम AA दूरी

bmr-संशोधक-फ़ाइल टेक्स्ट
प्रति जीन मानों की टैब सीमांकित सूची जो परीक्षण से पहले बीएमआर को संशोधित करती है [जीन_नाम
bmr_modifier]

संख्यात्मक-डेटा-परीक्षण-विधि टेक्स्ट
पियर्सन सहसंबंध के लिए या तो 'कोर' या विलकॉक्सन रैंक-सम टेस्ट के लिए 'विल्कोक्स'
संख्यात्मक नैदानिक ​​डेटा.

डिफ़ॉल्ट मान 'कोर' यदि निर्दिष्ट नहीं है

स्किप-लो-एमआर-जीन बूलियन
पृष्ठभूमि एमआर से कम एमआर वाले जीन का परीक्षण करना छोड़ें

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोस्किप-लो-एमआर-जीन बूलियन
स्किप-लो-एमआर-जीन को 'झूठा' बनाएं

मैक्स-एफडीआर नंबर
किसी जीन को एसएमजी माने जाने के लिए अधिकतम अनुमत गलत खोज दर

डिफ़ॉल्ट मान '0.2' यदि निर्दिष्ट नहीं है

आनुवंशिक-डेटा-प्रकार टेक्स्ट
मैट्रिक्स फ़ाइल में डेटा या तो "जीन" या "वेरिएंट" प्रकार का डेटा होना चाहिए

वू-एनोटेशन-हेडर बूलियन
Wustl एनोटेशन प्रारूप हेडर को डिफ़ॉल्ट करने के लिए इसका उपयोग करें

अबु-एनोटेशन-हेडर बूलियन
वू-एनोटेशन-हेडर को 'गलत' बनाएं

बीएमआर-समूह पूर्णांक
तुलनीय बीएमआर के साथ नमूनों के समूहों की संख्या

डिफ़ॉल्ट मान '1' यदि निर्दिष्ट नहीं है

अलग-अलग काट-छाँट बूलियन
ट्रंकेशनल म्यूटेशन को एक अलग श्रेणी के रूप में समूहित करें

डिफ़ॉल्ट मान 'गलत' (--नोसेपरेट-ट्रंकेशन्स) यदि निर्दिष्ट नहीं है

नाकअलग करना-काटना बूलियन
अलग-अलग काट-छांट को 'झूठा' बनाएं

मर्ज-समवर्ती-म्यूट बूलियन
एक ही नमूने में एक जीन के एकाधिक उत्परिवर्तन को 1 के रूप में माना जाता है

डिफ़ॉल्ट मान 'गलत' (--nomerge-concurrent-muts) यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोमर्ज-समवर्ती-म्यूट बूलियन
मर्ज-समवर्ती-म्यूट को 'गलत' बनाएं

स्किप-नॉन-कोडिंग बूलियन
प्रदान की गई MAF फ़ाइल से गैर-कोडिंग उत्परिवर्तन छोड़ें

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोस्किप-नॉन-कोडिंग बूलियन
स्किप-नॉन-कोडिंग को 'गलत' बनाएं

स्किप-साइलेंट बूलियन
प्रदान की गई MAF फ़ाइल से मौन उत्परिवर्तन छोड़ें

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोस्किप-साइलेंट बूलियन
स्किप-साइलेंट 'झूठा' बनाएं

न्यूनतम-म्यूट-जीन-प्रति-पथ पूर्णांक
इससे कम उत्परिवर्तित जीन वाले मार्गों को नजरअंदाज कर दिया जाएगा

डिफ़ॉल्ट मान '1' यदि निर्दिष्ट नहीं है

ग्लैम-मॉडल-फाइल टेक्स्ट
GLM के लिए मॉडल के प्रकार, प्रतिक्रिया चर, सहसंयोजकों आदि की रूपरेखा वाली फ़ाइल
विश्लेषण। (विवरण देखे)।

प्रोसेसर पूर्णांक
SMG में उपयोग करने के लिए प्रोसेसर की संख्या ('foreach' और 'doMC' R पैकेज की आवश्यकता है)

डिफ़ॉल्ट मान '1' यदि निर्दिष्ट नहीं है

आ-रेंज पूर्णांक
सेट करें कि हिट के पास एमिनो एसिड की खोज करते समय 'निकट' मैच कितना करीब है

डिफ़ॉल्ट मान '2' यदि निर्दिष्ट नहीं है

एनयूसी-रेंज पूर्णांक
सेट करें कि हिट के पास न्यूक्लियोटाइड स्थिति की खोज करते समय 'निकट' मिलान कितना करीब है

डिफ़ॉल्ट मान '5' यदि निर्दिष्ट नहीं है

संदर्भ-निर्माण टेक्स्ट
या तो "बिल्ड 36" या "बिल्ड 37" डालें

डिफ़ॉल्ट मान 'बिल्ड 37' यदि निर्दिष्ट नहीं है

शो-ज्ञात-हिट बूलियन
जब कोई खोज उपन्यास हो, तो उस जीन में ज्ञात एए दिखाएं

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोशो-ज्ञात-हिट बूलियन
शो-प्रसिद्ध-हिट को 'झूठा' बनाएं

ग्लैम-नैदानिक-डेटा-फ़ाइल टेक्स्ट
नैदानिक ​​लक्षण, उत्परिवर्तनीय प्रोफाइल, अन्य मिश्रित नैदानिक ​​डेटा (विवरण देखें)।

उपयोग-माफ-में-ग्लम बूलियन
इस फ़्लैग को MAF फ़ाइल से बनाए गए वैरिएंट मैट्रिक्स को वैरिएंट इनपुट के रूप में उपयोग करने के लिए सेट करें
जीएलएम विश्लेषण।

डिफ़ॉल्ट मान 'गलत' (--nouse-maf-in-glm) यदि निर्दिष्ट नहीं है

नाउज़-माफ़-इन-ग्लम बूलियन
उपयोग-माफ-इन-ग्लम को 'झूठा' बनाएं

ओमिमा-दिरो पथ
ओमीम एमिनो एसिड म्यूटेशन डेटाबेस फोल्डर

ब्रह्मांडीय-दिरो पथ
ब्रह्मांडीय अमीनो एसिड उत्परिवर्तन डेटाबेस फ़ोल्डर

वाचाल बूलियन
बड़े कार्यशील आउटपुट को प्रदर्शित करने के लिए चालू करें

डिफ़ॉल्ट मान 'सत्य' यदि निर्दिष्ट नहीं है

नोवरबोज़ बूलियन
क्रिया को 'झूठा' बनाएं

नैदानिक-सहसंबंध-मैट्रिक्स-फ़ाइल टेक्स्ट
गणना के दौरान आंतरिक रूप से उपयोग किए गए नमूना-बनाम-जीन मैट्रिक्स को वैकल्पिक रूप से संग्रहीत करें।

वर्णन

इस कमांड का उपयोग डेटा के सेट पर सभी MuSiC विश्लेषण टूल को चलाने के लिए किया जा सकता है। कृपया
मापदंडों के अधिक विवरण के लिए अलग-अलग टूल देखें।

लेखक

थॉमस बी मूनी, एमएस

क्रेडिट

कृपया इसके लिए क्रेडिट देखें जीनोम-संगीत(1).

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके जीनोम-म्यूजिक-गैलेक्सीप का ऑनलाइन उपयोग करें