gmod_gff3_preprocessor.plp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

$0 - चाडो डेटाबेस में थोक लोडिंग के लिए एक GFF3 फ़ाइल तैयार करता है।

SYNOPSIS

% gmod_gff_preprocessor [विकल्प] --gfffile

कमांड लाइन विकल्प

--gfffile GFF3 वाली फ़ाइल (वैकल्पिक, पढ़ सकते हैं
stdin से)
--outfile वह नाम कर्नेल जिसका उपयोग परिणाम फ़ाइलों के नामकरण के लिए किया जाएगा
--splitfile फ़ाइलों को अधिक प्रबंधनीय भागों में विभाजित करें, प्रदान करें
विभाजन को नियंत्रित करने का एक तर्क
--onlysplit फ़ाइलों को विभाजित करें और फिर छोड़ें (यानी, सॉर्ट न करें)
--nosplit फ़ाइलों को विभाजित न करें (अर्थात्, केवल क्रमबद्ध करें)
--hasrefseq यदि फ़ाइल में संदर्भ अनुक्रम पंक्ति है तो इसे सेट करें
(केवल तभी आवश्यक है जब फ़ाइलें विभाजित न हों)
--dbprofile gmod.conf प्रोफ़ाइल नाम निर्दिष्ट करें (अन्यथा डिफ़ॉल्ट का उपयोग करें)
--inheritance_tiers आप इस फ़ाइल में वंशानुक्रम के कितने स्तरों की अपेक्षा करते हैं
होना (डिफ़ॉल्ट: 3)

वर्णन

स्प्लिटफाइल - बस इस ध्वज को 1 पर सेट करने से फ़ाइल संदर्भ द्वारा विभाजित हो जाएगी
अनुक्रम। यदि आप कोई वैकल्पिक तर्क प्रदान करते हैं, तो इसे आगे इसके अनुसार विभाजित किया जाएगा
ये नियम:

स्रोत = 1 स्रोत कॉलम में मान के अनुसार फ़ाइलों को विभाजित करता है
स्रोत=ए,बी,सी उन स्रोतों के साथ पंक्तियाँ डालता है जो मेल खाते हैं (नियमित अभिव्यक्ति के माध्यम से)
एक अलग फ़ाइल में 'ए', 'बी', या 'सी'
type=a,b,c उन प्रकारों वाली पंक्तियाँ डालता है जो a में 'a', 'b', या 'c' से मेल खाते हैं
अलग फ़ाइल

उदाहरण के लिए, यदि आप चाहते हैं कि आपके सभी विश्लेषण परिणाम एक अलग फ़ाइल में जाएं, तो आप
'--स्प्लिटफाइल टाइप = मैच', और सभी सीडीएनए_मैच, ईएसटी_मैच और इंगित कर सकता है
क्रॉस_जीनोम_मैच सुविधाएं अलग-अलग फाइलों में जाएंगी (संदर्भ अनुक्रम द्वारा अलग)।

इनहेरिटेंस_टीयर्स - इस फ़ाइल में इनहेरिटेंस के स्तरों की संख्या। उदाहरण के लिए, यदि
फ़ाइल में "केंद्रीय हठधर्मिता" जीन हैं (जीन/एमआरएनए/एक्सॉन, पॉलीपेप्टाइड), तो इसमें 3 हैं।
से 4 समर्थित है लेकिन संख्या जितनी अधिक होगी, यह उतना ही धीमा प्रदर्शन करेगा। यदि आप नहीं करते हैं
जानिए, 3 एक उचित अनुमान है।

FASTA अनुक्रम
यदि GFF3 फ़ाइल के अंत में FASTA अनुक्रम है, तो अनुक्रम को इसमें रखा जाएगा
एक्सटेंशन '.fasta' के साथ अलग फ़ाइल। इस fasta फ़ाइल को बाद में अलग से लोड किया जा सकता है
कमांड का उपयोग करके विभाजित और/या सॉर्ट की गई GFF3 फ़ाइलें लोड की जाती हैं:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

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