gmod_make_cvtermpath.plp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmod_make_cvtermpath.pl - ऑन्टोलॉजी शर्तों पर ट्रांजिटिव क्लोजर की गणना करता है
सीवीटर्म तालिका

उपयोग

पर्ल gmod_make_cvtermpath.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -c cvname
पर्ल gmod_make_cvtermpath.pl -g [GMODConf_profile] -c cvname

पैरामीटर्स
-c ट्रांजिटिव क्लोजर की गणना करने के लिए ऑन्टोलॉजी का नाम (cv.name)। (आवश्यक)

-v वर्बोज़ आउटपुट

-टी परीक्षण मोड. स्टोर का कोई भी कार्य बिल्कुल न करें. (लागू नहीं किया गया)

-त्रुटियों और वर्बोज़ संदेशों को लिखने के लिए आउटफ़ाइल (वैकल्पिक)

-जी जीएमओडी डेटाबेस प्रोफ़ाइल नाम (होस्ट और डीबी नाम प्रदान कर सकता है) डिफ़ॉल्ट: 'डिफ़ॉल्ट'

If नहीं का उपयोग a जीएमओडी डेटाबेस प्रोफाइल (विकल्प -जी) फिर इसलिए आप चाहिए प्रदान करना la निम्नलिखित
पैरामीटर
-D डेटाबेस नाम

-एच होस्टनाम

-d डेटाबेस ड्राइवर का नाम (उदाहरण के लिए पोस्टग्रेज़ के लिए 'Pg')

-यू [वैकल्पिक- यदि डिफ़ॉल्ट उपयोगकर्ता का उपयोग नहीं किया जाता है] डेटाबेस उपयोगकर्ता नाम

-पी [वैकल्पिक- यदि आपको अपने डेटाबेस से कनेक्ट करने के लिए पासवर्ड की आवश्यकता है] आपके उपयोगकर्ता के लिए पासवर्ड
डेटाबेस से जुड़ने के लिए

वर्णन

यह स्क्रिप्ट cvterm तालिका में ऑन्कोलॉजी शर्तों पर सकर्मक समापन की गणना करती है।
चूंकि यह एक कम्प्यूटेशनल गहन ऑपरेशन है, इसलिए इसे जीन जैसे बड़े सीवी पर किया जा सकता है
ऑन्टोलॉजी में कई घंटे लग सकते हैं। ट्रांसेटिव क्लोजर क्या है, इसके बारे में अधिक जानकारी के लिए,
कृपया देखें:

http://www.geneontology.org/GO.database.shtml#ग्राफ

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