जीएमएक्स-कन्वर्ट-टीपीआर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-कन्वर्ट-टीपीआर - एक संशोधित रन-इनपुट फ़ाइल बनाएं

SYNOPSIS

जीएमएक्स कन्वर्ट-टीपीआर [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-बढ़ाना ]
[-जब तक ] [-नस्टेप्स ] [-पहर ]
[-[नहीं]शून्य] [-[उपन्यास] [-[नहीं]जारी]
[-init_fep_state ]

वर्णन

GMX कन्वर्ट-tpr रन इनपुट फ़ाइलों को चार तरीकों से संपादित कर सकते हैं।

1. विकल्पों के साथ रन इनपुट फ़ाइल में चरणों की संख्या को संशोधित करके -बढ़ाना, -जब तक or
-नस्टेप्स (nsteps=-1 का अर्थ है असीमित संख्या में चरण)

2. (अप्रचलित) जब आपका सिमुलेशन चालू हो तो निरंतरता के लिए एक रन इनपुट फ़ाइल बनाकर
उदाहरण के लिए एक पूर्ण डिस्क, या निरंतर रन इनपुट फ़ाइल बनाने के कारण क्रैश हो गया। इस विकल्प
अप्रचलित है, क्योंकि mdrun अब चेकपॉइंट फ़ाइलें लिखता और पढ़ता है। नोट वह एक फ्रेम के साथ
निर्देशांक और वेग की आवश्यकता है। जब दबाव और/या नाक-हूवर तापमान
युग्मन का उपयोग एक ऊर्जा फ़ाइल की सटीक निरंतरता प्राप्त करने के लिए किया जा सकता है
मूल रन.

3. अपनी मूल tpx फ़ाइल के सबसेट के लिए एक .tpx फ़ाइल बनाकर, जो तब उपयोगी होती है
आप अपनी .tpx फ़ाइल से विलायक को हटाना चाहते हैं, या जब आप उदाहरण के लिए शुद्ध बनाना चाहते हैं
कैल्फा .tpx फ़ाइल। ध्यान दें कि आपको उपयोग करने की आवश्यकता हो सकती है -नस्टेप्स -1 (या समान) इसे प्राप्त करने के लिए
काम। चेतावनी: इसका .टीपीएक्स पट्टिका is नहीं पूरी तरह से कार्यात्मक.

4. किसी निर्दिष्ट समूह के आरोपों को शून्य पर सेट करके। निःशुल्क करते समय यह उपयोगी है
LIE (लीनियर इंटरेक्शन एनर्जी) विधि का उपयोग करके ऊर्जा अनुमान।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-s [<.tpr>] (टॉपोल.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

-f [<.trr/.cpt/...>] (ट्रेज.टीआरआर) (वैकल्पिक)
पूर्ण सटीक प्रक्षेपवक्र: ट्र्र CPT TNG

-e [<.edr>] (ener.edr) (वैकल्पिक)
ऊर्जा फ़ाइल

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.tpr>] (टप्रोउट.टीपीआर)
पोर्टेबल xdr रन इनपुट फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-बढ़ाना (0)
इस राशि से रनटाइम बढ़ाएँ (पीएस)

-जब तक (0)
इस समाप्ति समय तक रनटाइम बढ़ाएँ (पीएस)

-नस्टेप्स (0)
चरणों की संख्या बदलें

-पहर (-1)
अंतिम फ़्रेम के बजाय इस समय (पीएस) फ़्रेम से आगे बढ़ें

-[नहीं]शून्य (नहीं)
किसी समूह के शुल्क (सूचकांक से) को शून्य पर सेट करें

-[उपन्यास (हाँ)
प्रक्षेपवक्र से वेग की आवश्यकता है

-[नहीं]जारी (हाँ)
सटीक निरंतरता के लिए, बाधाओं को पहले चरण से पहले लागू नहीं किया जाना चाहिए

-init_fep_state (0)
एफईपी राज्य से आरंभ करने के लिए

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके gmx-convert-tpr का ऑनलाइन उपयोग करें