gmx-editconf - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gmx-editconf - संरचना फ़ाइलों को परिवर्तित और हेरफेर करता है

SYNOPSIS

जीएमएक्स एडिटकॉन्फ़ [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-बीएफ [<.डेट>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-मीड [<.pqr>]] [-[अभी]
[-[नहीं]नडेफ़] [-बीटीई ] [-डिब्बा ]
[-कोण ] [-d ] [-[नहीं]सी]
[-center ] [-मध्य में संरेखित करें ]
[-संरेखित ] [-अनुवाद ]
[—करना ] [-[नहीं]राजकुमार] [-काले ]
[-घनत्व ] [- [नहीं] पीबीसी] [-रेसएनआर ] [-[नहीं]समझो]
[-rvdw ] [-[नहीं]sig56] [-[नहीं]vdwread] [-[नहीं]परमाणु]
[-[नहीं]किंवदंती] [-लेबल ] [- [नहीं] कनेक्ट]

वर्णन

GMX editconf सामान्य संरचना प्रारूप को परिवर्तित करता है ग्रो, .जी96 or .पीडीबी.

बॉक्स को विकल्पों के साथ संशोधित किया जा सकता है -डिब्बा, -d और -कोण. दोनों -डिब्बा और -d केंद्र होगा
बॉक्स में सिस्टम, जब तक -नोसी प्रयोग किया जाता है।

विकल्प -बीटीई बॉक्स प्रकार निर्धारित करता है: ट्राइक्लिनिक एक ट्राइक्लिनिक बॉक्स है, घन एक आयताकार है
बॉक्स जिसकी सभी भुजाएँ बराबर हों द्वादशफ़लक एक समचतुर्भुज डोडेकाहेड्रोन का प्रतिनिधित्व करता है और octahedron is
एक छोटा अष्टफलक। अंतिम दो ट्राइक्लिनिक बॉक्स के विशेष मामले हैं। इसकी लंबाई
काटे गए ऑक्टाहेड्रोन के तीन बॉक्स वेक्टर दो के बीच की सबसे छोटी दूरी है
विपरीत षट्कोण. कुछ आवधिक छवि दूरी, आयतन के साथ एक घन बॉक्स के सापेक्ष
समान आवधिक दूरी वाले डोडेकेहेड्रोन की दूरी घन की तुलना में 0.71 गुना है, और
एक काटे गए अष्टफलक का 0.77 गुना है।

विकल्प -डिब्बा एक घन, रम्बिक डोडेकाहेड्रल, या काटे गए के लिए केवल एक मान की आवश्यकता होती है
अष्टफलकीय बक्सा.

- -d और एक ट्राइक्लिनिक बॉक्स में सिस्टम का आकार x-, y-, तथा z-निर्देश है
इस्तेमाल किया गया। साथ -d और घन, द्वादशफ़लक or octahedron बक्सों में, आयाम निर्धारित किए गए हैं
सिस्टम का व्यास (परमाणुओं के बीच की सबसे बड़ी दूरी) प्लस निर्दिष्ट दूरी का दोगुना।

विकल्प -कोण विकल्प से ही सार्थक है -डिब्बा और एक ट्राइक्लिनिक बॉक्स और इसका उपयोग नहीं किया जा सकता
विकल्प के साथ -d.

. -n or -ndef सेट किया गया है, आकार और की गणना के लिए एक समूह का चयन किया जा सकता है
ज्यामितीय केंद्र, अन्यथा संपूर्ण प्रणाली का उपयोग किया जाता है।

—करना निर्देशांक और वेग को घुमाता है।

-राजकुमार सिस्टम के प्रमुख अक्षों को सबसे लंबे समन्वय अक्षों के साथ संरेखित करता है
अक्ष के साथ संरेखित x-एक्सिस। इससे आप बॉक्स का वॉल्यूम कम कर सकते हैं, लेकिन सावधान रहें
कि अणु एक नैनोसेकंड में महत्वपूर्ण रूप से घूम सकते हैं।

किसी भी अन्य ऑपरेशन को करने से पहले स्केलिंग लागू की जाती है। बक्से और निर्देशांक
एक निश्चित घनत्व देने के लिए स्केल किया जा सकता है (विकल्प)। -घनत्व). ध्यान दें कि ऐसा हो सकता है
मामले में गलत ए ग्रो फ़ाइल इनपुट के रूप में दी गई है। स्केलिंग विकल्प की एक विशेष सुविधा
क्या यह है कि जब कारक -1 एक आयाम में दिया जाता है, तो व्यक्ति को एक दर्पण छवि प्राप्त होती है, प्रतिबिम्बित
एक विमान में. जब कोई तीन आयामों में -1 का उपयोग करता है, तो एक बिंदु-दर्पण छवि होती है
प्राप्त की।

सभी ऑपरेशन लागू होने के बाद समूहों का चयन किया जाता है।

आवधिकता को कच्चे तरीके से हटाया जा सकता है। यह महत्वपूर्ण है कि बॉक्स वेक्टर पर हो
जब आवधिकता को हटाना हो तो आपकी इनपुट फ़ाइल का निचला भाग सही है।

लिखते समय .पीडीबी फ़ाइलें, बी-कारकों के साथ जोड़ा जा सकता है -बीएफ विकल्प। बी-कारक पढ़े जाते हैं
निम्नलिखित प्रारूप वाली फ़ाइल से: पहली पंक्ति फ़ाइल में प्रविष्टियों की संख्या बताती है,
अगली पंक्तियाँ एक सूचकांक बताती हैं जिसके बाद एक बी-फैक्टर आता है। बी-कारक प्रति संलग्न किया जाएगा
अवशेष जब तक कि कोई सूचकांक अवशेषों की संख्या से बड़ा न हो या जब तक -परमाणु विकल्प
सेट है. जाहिर है, बी-कारकों के स्थान पर किसी भी प्रकार का संख्यात्मक डेटा जोड़ा जा सकता है। -लगाना
न्यूनतम से अधिकतम तक बी-कारकों के साथ सीए परमाणुओं की एक पंक्ति का उत्पादन करेगा
मूल्य पाया गया, प्रभावी ढंग से देखने के लिए एक किंवदंती बना।

विकल्प के साथ -मीड एक विशेष .पीडीबी MEAD इलेक्ट्रोस्टैटिक्स प्रोग्राम के लिए (.pqr) फ़ाइल
(पॉइसन-बोल्ट्ज़मैन सॉल्वर) बनाया जा सकता है। एक और शर्त यह है कि इनपुट फ़ाइल एक है
इनपुट फ़ाइल चलाएँ. फिर बी-फैक्टर फ़ील्ड को वैन डेर वाल्स त्रिज्या से भर दिया जाता है
परमाणु जबकि अधिभोग क्षेत्र आवेश धारण करेगा।

विकल्प -पकड़ समान है, लेकिन यह आवेशों को बी-कारक और त्रिज्या को अंदर रखता है
अधिभोग.

विकल्प -संरेखित के विरुद्ध एक निर्दिष्ट समूह के मुख्य अक्ष के संरेखण की अनुमति देता है
दिए गए वेक्टर, द्वारा निर्दिष्ट रोटेशन के एक वैकल्पिक केंद्र के साथ -मध्य में संरेखित करें.

अंत में, विकल्प के साथ -लेबल, editconf में एक श्रृंखला पहचानकर्ता जोड़ सकते हैं .पीडीबी फ़ाइल, जो कर सकते हैं
उदाहरण के लिए रस्मोल के साथ विश्लेषण के लिए उपयोगी हो।

एक पैकेज द्वारा निर्मित एक काटे गए ऑक्टाहेड्रोन फ़ाइल को परिवर्तित करने के लिए जो एक क्यूबिक बॉक्स का उपयोग करता है
कटे हुए कोने (जैसे GROMOS), उपयोग करें:

जीएमएक्स एडिटकॉन्फ -एफ इन -रोटेट 0 45 35.264 -बीटी ओ -बॉक्स वेक्लेन -ओ आउट

जहां वेक्लेन घन बॉक्स के आकार का समय है sqrt(3)/2।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष TPR

-n [<.ndx>] (index.ndx) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-बीएफ [<.डेट>] (bfact.dat) (वैकल्पिक)
सामान्य डेटा फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-o [<.gro/.g96/...>] (आउट.ग्रो) (वैकल्पिक)
संरचना फ़ाइल: gro g96 पीडीबी बीआरके ईएनटी विशेष

-मीड [<.pqr>] (mead.pqr) (वैकल्पिक)
MEAD के लिए समन्वय फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-[नहीं]नडेफ़ (नहीं)
डिफ़ॉल्ट सूचकांक समूहों से आउटपुट चुनें

-बीटीई (ट्रिक्लिनिक)
के लिए बॉक्स प्रकार -डिब्बा और -d: ट्राइक्लिनिक, क्यूबिक, डोडेकेहेड्रोन, ऑक्टाहेड्रोन

-डिब्बा (0 0 0)
बॉक्स वेक्टर लंबाई (ए,बी,सी)

-कोण (90 90 90)
बॉक्स सदिशों के बीच का कोण (bc,ac,ab)

-d (0)
विलेय और डिब्बे के बीच की दूरी

-[नहीं]सी (नहीं)
बॉक्स में केंद्र अणु (द्वारा निहित)। -डिब्बा और -d)

-center (0 0 0)
ज्यामितीय केंद्र के निर्देशांक

-मध्य में संरेखित करें (0 0 0)
संरेखण के लिए घूर्णन का केंद्र

-संरेखित (0 0 0)
लक्ष्य वेक्टर पर संरेखित करें

-अनुवाद (0 0 0)
अनुवाद करें

—करना (0 0 0)
X, Y और Z अक्षों के चारों ओर डिग्री में घूमना

-[नहीं]राजकुमार (नहीं)
अणुओं को उनके मुख्य अक्षों के अनुदिश उन्मुख करें

-काले (1 1 1)
मापन कारक

-घनत्व (1000)
स्केलिंग द्वारा प्राप्त आउटपुट बॉक्स का घनत्व (जी/एल)।

- [नहीं] पीबीसी (नहीं)
आवधिकता हटाएं (अणु को फिर से पूर्ण बनाएं)

-रेसएनआर (-1)
Resnr से शुरू करके अवशेषों को पुनः क्रमांकित करें

-[नहीं]समझो (नहीं)
परमाणु के आवेश को बी-कारक क्षेत्र में और परमाणु की त्रिज्या को अंदर संग्रहित करें
अधिभोग क्षेत्र

-rvdw (0.12)
डिफ़ॉल्ट वैन डेर वाल्स त्रिज्या (एनएम में) यदि कोई डेटाबेस में नहीं पाया जा सकता है या यदि
टोपोलॉजी फ़ाइल में कोई पैरामीटर मौजूद नहीं है

-[नहीं]sig56 (नहीं)
सिग्मा/2 के बजाय आरमिन/2 (वैन डेर वाल्स क्षमता में न्यूनतम) का उपयोग करें

-[नहीं]vdwread (नहीं)
फ़ाइल से वैन डेर वाल्स त्रिज्या पढ़ें vdwradii.dat की गणना करने के बजाय
बल क्षेत्र पर आधारित त्रिज्या

-[नहीं]परमाणु (नहीं)
प्रति परमाणु बल बी-कारक लगाव

-[नहीं]किंवदंती (नहीं)
बी-फैक्टर लीजेंड बनाएं

-लेबल (एक)
सभी अवशेषों के लिए चेन लेबल जोड़ें

- [नहीं] कनेक्ट (नहीं)
CONECT रिकॉर्ड्स को a में जोड़ें .पीडीबी फ़ाइल लिखे जाने पर. केवल तभी किया जा सकता है जब टोपोलॉजी हो
वर्तमान

ज्ञात मुद्दें

· जटिल अणुओं के लिए, आवधिकता हटाने की दिनचर्या टूट सकती है, उस स्थिति में आप
उपयोग कर सकते हैं GMX trjconv.

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके gmx-editconf का ऑनलाइन उपयोग करें